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Underutilization of the Clinical Microbiology Laboratory by Physicians in Nigeria

1Iregbu, K. C., 2Osuagwu, C. S., 3Umeokonkwo, C. D., 4Fowotade, A. A., 5Ola-Bello, O. I., 1Nwajiobi-Princewill, P. I., 6Taiwo S. S., 7Olayinka A. T., and *2Oduyebo, O. O.

1Department of Medical Microbiology, National Hospital, Abuja

2Department of Medical Microbiology and Parasitology, College of Medicine, University of Lagos

3Department of Community Medicine, Alex Ekwueme Federal University Teaching Hospital, Abakaliki, Ebonyi State

4Department of Medical Microbiology and Parasitology, University College Hospital, Ibadan

5Department of Medical Microbiology, State Specialist Hospital, Akure

6Department of Medical Microbiology and Parasitology, College of Health Sciences, Ladoke Akintola University of Technology, Ogbomoso

7Department of Medical Microbiology, College of Health Sciences, Ahmadu Bello University, Zaria *Correspondence to: oyinoduyebo@yahoo.com; +2348023163319; ORCiD: 0000-0002-2894-4367

Abstract:
Background: Clinical laboratories are critical to correct diagnosis of medical conditions to ensure appropriate management. Point prevalence survey (PPS) of antimicrobial use and resistance performed in Nigeria in 2015 and 2017 showed high rates of antibiotic use, but poor laboratory utilization for definitive diagnosis of the infections for which the antimicrobials were prescribed. This study investigated the reasons for clinicians‟ poor utilization of the clinical laboratory for definitive diagnosis and treatment of infections. Methods: A cross sectional survey of clinicians attending the 2018 annual scientific conference and general meeting of the National Postgraduate Medical College of Nigeria (NPMCN) in Owerri, Southeastern Nigeria, was conducted using self-administered structured questionnaire to obtain information on the sub-optimal utilization of the clinical microbiology laboratory. Results: Of 283 respondents, 14.8% were general practitioners and 85.2% were specialists who have been in practice for a median period of 20 years (range 3 – 48 years). The specialists included surgeons (26%), family physicians (19.8%), internists (14.3%), pathologists (13.9%), paediatricians (8.8%), obstetricians and gynecologists (8.1%), community medicine physicians (6.2%), and dental surgeons (2.6%). Majority of the respondents (90.8%) work in public, 88.3% work in tertiary and 9.9% in secondary care hospitals. For diagnosis of infections, 16% and 49.8% reported using laboratory “always” and “very often” respectively. Among these, the most commonly utilized investigations were microscopy, culture and sensitivity (62.4%), DNA detection (18.3%), GeneXpert for tuberculosis (17.2%), and antigen detection (16.7%). Among clinicians that “hardly make use” of the laboratory, their reasons for non-use were; clinical diagnosis being sufficient (39.7%), delayed results (17.2%), having knowledge of „potent‟ antibiotics (15.5%), lack of access to microbiology laboratory (13.8%), absence of pathologists to assure quality of tests (12.1%), and no need of the laboratory to manage patients with infections (8.6%). Conclusion: These findings indicate that poor use of the microbiology laboratory seems mainly associated with perception and attitude of the physicians to the relevance of the laboratory, and perceived inadequacy of microbiology practice in some others. There is need to raise physicians‟ awareness on the relevance and what constitutes optimal use of the clinical microbiology laboratory for accurate diagnosis of infections and appropriate antimicrobial use.

Key words: utilization, microbiology laboratory, diagnosis, antimicrobials, infectious diseases

Received October 17, 2019; Revised October 24, 2019; Accepted October 25, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Underutilization of clinical microbiology laboratory in Nigeria Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 53-59

Sous-utilisation du laboratoire de microbiologie clinique par des médecins au Nigéria

1Iregbu, K. C., 2Osuagwu, C. S., 3Umeokonkwo, C. D., 4Fowotade, A. A., 5Ola-Bello, F. O., 1Nwajiobi-Princewill, P. I., 6Taiwo S. S., 7Olayinka A. T., et *2Oduyebo, O. O.
1Département de microbiologie médicale, hôpital national, Abuja 2Département de microbiologie médicale et de parasitologie, faculté de médecine, université de Lagos 3Département de médecine communautaire, Alex Ekwueme Hôpital universitaire fédéral, Abakaliki, Etat d’Ebonyi 4Département de médecine microbiologique et de parasitologie, Université universitaire Ibadan 5Département de microbiologie médicale, Hôpital d’État spécialisé, Akure 6Département de microbiologie médicale et de parasitologie, Collège des sciences de la santé, Université de technologie Ladoke Akintola, Ogbomoso 7Département de Microbiologie médicale et du Collège des sciences de la santé, Université Ahmadu Bello, Zaria *Correspondance à: oyinoduyebo@yahoo.com; +2348023163319; ORCiD: 0000-0002-2894-4367

Abstrait:
Contexte: Les laboratoires cliniques sont essentiels pour corriger le diagnostic des conditions médicales et assurer une prise en charge appropriée. Une enquête de prévalence ponctuelle (PPS) sur l’utilisation et la résistance aux antimicrobiens réalisée au Nigéria en 2015 et 2017 a montré des taux élevés d’utilisation d’antibiotiques, mais une faible utilisation en laboratoire pour le diagnostic définitif des infections pour lesquelles les antimicrobiens ont été prescrits. Cette étude a examiné les raisons de la faible utilisation du laboratoire par les cliniciens pour le diagnostic définitif et le traitement des infections. Méthodes: Une enquête transversale sur les cliniciens participant à la conférence scientifique annuelle et à l’assemblée générale de 2018 du Collège national des médecins diplômés du Nigéria (NPMCN) à Owerri, dans le sud-est du Nigéria, a été réalisée à l’aide d’un questionnaire structuré auto-administré visant à obtenir des informations sur le sous-optimal. utilisation du laboratoire de microbiologie clinique. Résultats: Sur 283 répondants, 14,8% étaient des omnipraticiens et 85,2% des spécialistes exerçant depuis 20 ans en moyenne (de 3 à 48 ans). Les spécialistes comprenaient des chirurgiens (26%), des médecins de famille (19,8%), des internistes (14,3%), des pathologistes (13,9%), des pédiatres (8,8%), des obstétriciens et des gynécologues (8,1%), des médecins de santé communautaires (6,2%), et chirurgiens dentistes (2,6%). La majorité des répondants (90,8%) travaillent en public, 88,3% dans le tertiaire et 9,9% dans les hôpitaux de soins secondaires. Pour le diagnostic des infections, 16% et 49,8% ont déclaré utiliser le laboratoire «toujours» et «très souvent» respectivement. Parmi ceux-ci, les examens les plus couramment utilisés étaient la microscopie, la culture et la sensibilité (62,4%), la détection de l’ADN (18,3%), GeneXpert pour la tuberculose (17,2%) et la détection de l’antigène (16,7%). Parmi les cliniciens qui «utilisent à peine» le laboratoire, les raisons de leur non-utilisation étaient: diagnostic clinique suffisant (39,7%), résultats tardifs (17,2%), connaissance d’antibiotiques «puissants» (15,5%), manque d’accès au laboratoire de microbiologie (13,8%), absence de pathologistes pour garantir la qualité des tests (12,1% ), et aucun laboratoire n‟a besoin de prendre en charge des patients infectés (8,6%). Conclusion: Ces résultats indiquent que la mauvaise utilisation du laboratoire de microbiologie semble principalement associée à la perception et à l’attitude des médecins à l’égard de la pertinence du laboratoire, et à l’insuffisance perçue de la pratique de la microbiologie chez certains autres. Il est nécessaire de sensibiliser les médecins à la pertinence et à l’utilisation optimale du laboratoire de microbiologie clinique pour un diagnostic précis des infections et une utilisation appropriée des antimicrobiens.

Mots-clés: utilisation, laboratoire de microbiologie, diagnostic, antimicrobiens, maladies infectieuses

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Underutilization of the Clinical Microbiology Laboratory by Physicians in Nigeria

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Otitis externa in a tertiary care hospital in Zagazig, Egypt: isolated pathogens and their antibiotic sensitivity patterns

1*Allam, A. A. E., 2Tantawy, A. E. E., 2Mohamed, K. A. E., 3El ghamrey, N. A. M., 1Morad, E. A., and 1El Shafei, M. A. E.

1Medical Microbiology and Immunology Department, Faculty of Medicine, Zagazig University, Egypt 2ENT Department, Faculty of Medicine, Zagazig University, Egypt 3ENT specialist, Egypt Ministry of Health and Population *Correspondence to: Egyayman66@yahoo.com; +20155777174, +201227989609

Abstract:

Introduction: Recurrent otitis externa is a worldwide problem. This study aims to identify the different aetiological organisms isolated from otitis externa and their sensitivity to different antibiotics. Methods: A total of 27 patients with clinical presentation of otitis externa for a period of three weeks or more were enrolled for the study. Two swab samples collected from each infected ear were cultured for bacterial and fungi, and growth identified using standard microbiological methods including analytical profile index (API) system. Antibiotic susceptibility of isolated bacteria was performed by the disk diffusion technique. Results: Thirty one organisms were isolated from the 27 patients; 12 (38.7%) fungi and 19 (61.3%) bacteria species. Aspergillus spp was the most frequently isolated organism (35.4%) while Pseudomonas aeruginosa was the most frequently isolated bacteria (19.3%), and was most sensitive to amikacin. Four of 11 patients with Aspergillus infection showed clinical resistance to econazole local treatment but had complete clinical response to itraconazole oral treatment.

Conclusion: Otitis externa in Egypt is caused by antibiotic resistant bacteria or fungi, and the most causative organisms are Aspergillus spp and Ps. aeruginosa.

Keywords: Otitis externa, antibiotic resistance, Pseudomonas aeruginosa,

Egypt Received June 25, 2019; Revised September 3, 2019; Accepted September 19, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

 

Otite externe à l’hôpital de soins tertiaires de Zagazig, en Égypte: agents pathogènes isolés et leur profil de sensibilité aux antibiotiques

1*Allam, A. A. E., 2Tantawy, A. E. E., 2Mohamed, K. A. E., 3El ghamrey, N. A. M., 1Morad, E. A., et 1El Shafei, M. A. E. 1Département de microbiologie médicale et d’immunologie, Faculté de médecine, Université de Zagazig, Égypte 2Département d’ORL, Université de Zagazig, Faculté de médecine, Égypte 3spécialiste ENT, Ministère égyptien de la santé et de la population
*Correspondance à:Egyayman66@yahoo.com; +20155777174, +201227989609

Abstrait:
Introduction: L’otite externe récurrente est un problème mondial. Cette étude vise à identifier les différents organismes étiologiques isolés d’une otite externe et leur sensibilité à différents antibiotiques. Méthodes: Un total de 27 patients présentant une présentation clinique de l’otite externe sur une période de trois semaines ou plus ont été inclus dans l’étude. Deux échantillons de prélèvement prélevés sur chaque oreille infectée ont été mis en culture pour détecter la présence de bactéries et de champignons, et leur croissance a été identifiée à l’aide de méthodes microbiologiques standard, notamment d’un système d’indice de profil analytique (API).

sensibilité aux antibiotiques de bactéries isolées a été réalisée par la technique de diffusion sur disque. Résultats: Trente et un organismes ont été isolés parmi les 27 patients; 12 espèces de champignons (38,7%) et 19 espèces de bactéries (61,3%). Aspergillus spp était l’organisme le plus fréquemment isolé (35,4%), tandis que Pseudomonas aeruginosa était la bactérie la plus fréquemment isolée (19,3%) et était la plus sensible à l’amikacine. Quatre des 11 patients infectés par Aspergillus ont présenté une résistance clinique au traitement local à l’éconazole, mais ont présenté une réponse clinique complète au traitement oral à l’itraconazole. Conclusion: L’otite externe en Egypte est causée par une bactérie ou un champignon résistant aux antibiotiques. Les organismes les plus responsables sont Aspergillus spp et Ps. aeruginosa.

La Otitis externa in Egypt Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 60-65

Mots-clés: otite externe, résistance aux antibiotiques, Pseudomonas aeruginosa, Égypte

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Otitis externa in a tertiary care hospital in Zagazig, Egypt: isolated pathogens and their antibiotic sensitivity patterns

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Laboratory survey of extended spectrum beta-lactamase producing enterobacteriaceae in clinical infections among hospitalised patients at LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso, Nigeria

*Abayomi, S. A., Adegboro, B., and Taiwo, S. S.
Department of Medical Microbiology and Parasitology, Ladoke Akintola University of Technology (LAUTECH) Teaching Hospital, PMB 4007, Ogbomoso, Nigeria *Correspondence to: subslaabayomi@gmail.com

Abstract:

Background: The extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing enterobacteriaceae are a major public health threat globally, causing both community and healthcare associated infections (HAIs). Due to multi-resistant nature of these strains, infections caused by them are associated with treatment failure, high mortality, and increased healthcare costs. This laboratory survey determined the prevalence of infections caused by ESBL-producing enterobacteriaceae in LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso Methodology: Over three years (January 2016 to December 2018), non-duplicate clinical samples (sputum, blood, urine, and wound swabs) collected from hospitalised patients with suspected clinical infections were routinely processed at microbiology laboratory of our hospital for aerobic culture and isolation of enterobacteriaceae. Antibiotic susceptibility of each isolate to routinely used antibiotics was determined by the disk diffusion method and ‘double disk’ synergy test was used to routinely confirm ESBL production. Demographic and clinical data were extracted from the requisition form. Results: Of the total 4,198 hospitalised patients over the three year period, 1,222 (29.1%) had clinical infections, out of which 689 (16.4%) were laboratory confirmed. Enterobacteriaceae were isolated from 343 patients (prevalence rate, 8.2%) while ESBL producers were isolated from 46 (prevalence rate, 1.1%). The most frequent enterobacteriaceae were Klebsiella spp (54.5%) and Escherichia coli (35.9%) recovered mainly from urinary tract infection (UTI, 45.2%), skin and soft tissue infection (SSTI, 27.9%) and lower respiratory tract infection (LRTI, 17.5%) but ESBL producers were frequently associated with osteomyelitis (50%), LRTI (18.3%) and SSTI (14.6%). The ESBL producers were all resistant to ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, cefepime, gentamicin, and ciprofloxacin but susceptible to imipenem. The non-ESBL producers were comparatively less resistant with 43.8%, 34.3%, 29%, 35%, 43%, 37%, and 4% resistant to ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, cefepime, gentamicin, ciprofloxacin and imipenem respectively. Conclusion: The prevalence of clinical infections among hospitalised patients in our facility is high but the rate of ESBL-producing enterobacteriaceae is relatively low. In spite of this, there is need for continuous surveillance of ESBL and other antibiotic resistant pathogens as part of the infection prevention and control (IPC) programme, with implementation of measures that will reduce the incidence of these infections in our hospital.

Keywords: Laboratory survey, hospitalised patients, ESBL, multidrug resistance
Received Sept 4, 2019; Revised September 20, 2019; Accepted September 21, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Enquête de laboratoire sur les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu lors d’infections cliniques chez des patients hospitalisés à l’hôpital universitaire LAUTECH, à Ogbomoso, au Nigéria
*Abayomi, S. A., Adegboro, B., et Taiwo, S. S.

Laboratory survey of ESBL-producing enterobacteriaceae Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21(1): 66-71

Département de microbiologie médicale et de parasitologie, Hôpital universitaire de l’Université technique de Ladoke Akintola (LAUTECH), PMB 4007, Ogbomoso, Nigéria *Correspondance à: subslaabayomi@gmail.com

Abstrait:
Contexte: Les entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) constituent une menace majeure pour la santé publique dans le monde, provoquant à la fois des infections dans la communauté et des infections associées aux soins de santé. En raison de la nature multirésistante de ces souches, les infections qu’elles provoquent sont associées à un échec du traitement, à une mortalité élevée et à une augmentation des coûts de soins de santé. Cette enquête en laboratoire a permis de déterminer la prévalence d’infections causées par des entérobactéries productrices de BLSE à l’hôpital universitaire LAUTECH, à Ogbomoso. Méthodologie: Sur trois ans (janvier 2016 à décembre 2018), des échantillons cliniques non dupliqués (expectorations, sang, urine, et plaies oreilles) prélevés chez des patients hospitalisés présentant des suspicions d’infections cliniques ont été systématiquement traités dans le laboratoire de microbiologie de notre hôpital pour culture aérobie et isolement d’entérobactériacées. La sensibilité aux antibiotiques de chaque isolat aux antibiotiques utilisés en routine a été déterminée par la méthode de diffusion sur disque et un test de synergie «double disque» a été utilisé pour confirmer en routine la production de BLSE. Les données démographiques et cliniques ont été extraites du formulaire de demande. Résultats: Sur un total de 4198 patients hospitalisés au cours de la période de trois ans, 1222 (29,1%) ont présenté une infection clinique, dont 689 (16,4%) ont été confirmés en laboratoire. Des entérobactéries ont été isolées chez 343 patients (taux de prévalence de 8,2%), tandis que les producteurs de BLSE ont été isolés chez 46 patients (taux de prévalence de 1,1%). Les entérobactériacées les plus fréquentes étaient Klebsiella spp (54,5%) et Escherichia coli (35,9%) principalement dues à une infection des voies urinaires (UTI, 45,2%), une infection de la peau et des tissus mous (SSTI, 27,9%) et des voies respiratoires inférieures (LRTI, 17,5%), mais les producteurs de BLSE étaient fréquemment associés à l’ostéomyélite (50%), au LRTI (18,3%) et au SSTI (14,6%). Les producteurs de BLSE étaient tous résistants à l’ampicilline, au céfotaxime, à la ceftazidime, au céfépime, à la gentamicine et à la ciprofloxacine, mais sensibles à l’imipénem. Les producteurs non BLSE étaient comparativement moins résistants, avec respectivement 43,8%, 34,3%, 29%, 35%, 43%, 37% et 4% de résistance à l’ampicilline, au céfotaxime, au ceftazidime, au céfépime, à la gentamicine, à la ciprofloxacine et à l’imipénème. Conclusion: La prévalence d’infections cliniques chez les patients hospitalisés dans notre établissement est élevée mais le taux d’entérobactéries productrices de BLSE est relativement faible. Malgré cela, il est nécessaire de surveiller en permanence les BLSE et les autres agents pathogènes résistants aux antibiotiques dans le cadre du programme de prévention et de contrôle des infections (IPC), avec la mise en oeuvre de mesures permettant de réduire l’incidence de ces infections dans notre hôpital.

Mots clés: Enquête de laboratoire, patients hospitalisés, BLSE, résistance, multiple aux médicaments

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Laboratory survey of extended spectrum beta-lactamase producing enterobacteriaceae in clinical infections among hospitalised patients at LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso, Nigeria

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Ectoparasitic infestations of cats and dogs in Izzi Local Government Area of Ebonyi State, Nigeria: brief communication for ‘One Health’ approach to control of potential zoonoses

*Elom, M. O., Obeji, N. N., Nworie, A., and Usanga, V.
Department of Medical Laboratory Science, Ebonyi State University, Abakaliki, Nigeria
*Correspondence to: michaelokpara147@gmail.com

Abstract:
Background: Cats and dogs are important companion animals that paradoxically pose risks of zoonotic infections to their owners. This study determined the ectoparasitic infestations of cats and dogs in a semi-rural setting of Ebonyi State, so as to establish the prevalence of the ectoparasites among the companion animals for creation of public health awareness relevant to prevention of zoonoses in the area.
Methods: One hundred dogs and 21 cats from Izzi Local Government Area of Ebonyi State, were examined for ectoparasitic infestations, using standard parasitological techniques. Systematic random sampling technique was employed in the study. Parasites were identified with standard identification guides. Data were analysed using aspects of Bush infection statistics and Chi-square. Statistical significance was established at p<0.05.
Results: Out of the 100 dogs examined, 80 (80%), 8 (8%), 6 (6%), 2 (2%) and 4 (4%) were infested with Rhipicephalus sanguineus, Haemaphysalis longicornis, Ctenocephalides canis, Ctenocephalides felis and Sarcoptes scabiei respectively. A significant association was observed between R. sanguineus and the dogs (X2=100.00; p=0.000). Six (28.6%) of the 21 cats examined were infested with C. felis, with significant statistical association (X2=21.000; p=0.000) and 2 (9.5%) were infested with Otodectes cynotis but no significant association (X2=5.526; p=0.063).
Conclusion: Based on the observed prevalence of ectoparasites among the animals, collaborative efforts of the medical and veterinary personnel are solicited in the spirit of ‘one health’ in order to protect the health of the pets and those of their owners.

Keywords: Ectoparasitism, Cats, Dogs, Ebonyi State, Zoonoses

Received July 29, 2019; Revised October 10, 2019; Accepted October 11, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Ectoparasitic infestations of canines Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 72-77

Infestations ectoparasites de chats et de chiens dans la zone de gouvernement local d’Izzi, dans l’État d’Ebonyi, au Nigéria: communication succincte concernant l’approche «One Health» de la lutte contre les zoonoses potentielles

*Elom, M. O., Obeji, N. N., Nworie, A. et Usanga, V.
Département des sciences de laboratoire médical, université d’État Ebonyi, Abakaliki, Nigéria *Correspondance à: michaelokpara147@gmail.com
Abstrait:
Contexte: Les chats et les chiens sont des animaux de compagnie importants qui, paradoxalement, présentent des risques d’infections zoonotiques pour leurs propriétaires. Cette étude a déterminé les infestations ectoparasites de chats et de chiens dans un cadre semi-rural de l’État d’Ebonyi, de manière à établir la prévalence des ectoparasites parmi les animaux de compagnie afin de sensibiliser la santé publique à la prévention des zoonoses dans la région.

 

Méthodes: Des infestations d’ectoparasites ont été examinées chez 100 chiens et 21 chats de la région du gouvernement local d’Izzi, dans l’État d’Ebonyi, à l’aide de techniques parasitologiques classiques. La technique d’échantillonnage aléatoire systématique a été utilisée dans l’étude. Les parasites ont été identifiés avec des guides d’identification standard. Les données ont été analysées à l’aide d’aspects des statistiques d’infection de Bush et du chi carré. La signification statistique a été établie à p<0,05. Résultats: Sur les 100 chiens examinés, 80 (80%), 8 (8%), 6 (6%), 2 (2%) et 4 (4%) étaient infestés par Rhipicephalus sanguineus, Haemaphysalis longicornis, Ctenocephalides canis, Ctenocephalides felis et Sarcoptes scabiei respectivement. Une association significative a été observée entre R. sanguineus et les chiens (X2=100,00; p=0,000). Six (28,6%) des 21 chats examinés étaient infestés par C. felis, avec une association statistique significative (X2=21 000; p=0,000) et 2 (9,5%) étaient infestés par Otodectes cynotis mais aucune association significative (X2=5,526; p=0,063). Conclusion: sur la base de la prévalence observée d’ectoparasites chez les animaux, des efforts de collaboration du personnel médical et vétérinaire sont sollicités dans l’esprit de «one health» afin de protéger la santé des animaux et de leurs propriétaires.

Mots clés: Ectoparasitisme, Chats, Chiens, Etat d’Ebonyi, Zoonoses

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Ectoparasitic infestations of cats and dogs in Izzi Local Government Area of Ebonyi State, Nigeria: brief communication for ‘One Health’ approach to control of potential zoonoses

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Candida species: the silent enemy

1*Al-Laaeiby, A., 2Ali, S., and 3Al-Saadoon, A. H.
1Department of Biology, College of Science, University of Basrah, Iraq
2Department of Nursing Clinical Sciences, College of Nursing, University of Kirkuk, Iraq
3Department of Pathological analyses, College of Science, University of Basrah, Iraq
*Correspondence to: ayat200022@yahoo.com

Abstract:
Candida species are known to cause serious infections in immunocompromised patients but uncommon cases have been reported in immunocompetent individuals regardless of the harmless co-existence of the fungi with the host. Recently, the incidence rate of candidiasis has increased dramatically alongside the emergence of antifungal resistance. Although conventional methods to ensure prompt diagnosis of candidiasis for effective therapy have been established, the scientific world is witnessing progress in the development of more accurate, timely and cost-effective methods that is coinciding with the molecular revolution and advanced DNA analysis. Moreover, the challenges of resistance of Candida to available antifungal agents are being met with the deployment of molecular techniques to investigate the mechanisms of resistance. This review is an attempt to provide up-to-date information on the persistent problems of Candida with highlights on the clinical importance, molecular diagnosis, and resistance to candidate antifungal drugs; azoles and echinocandins.

Keywords: Candida, resistance, molecular diagnosis, azole, echinocandin

Received April 1, 2019; Revised May 13, 2019; Accepted May 30, 2019
Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Espèce Candida: l’ennemi silencieux
1*Al-Laaeiby, A., 2Ali, S., et 3Al-Saadoon, A. H.
1Département de biologie, Collège des sciences, Université de Basrah, Irak
2Département de sciences cliniques infirmières, Collège des sciences infirmières, Université de Kirkuk, Irak
3Département de Pathological analyses, Collège des sciences, Université de Basrah, Irak *Correspondance à: ayat200022@yahoo.com

Abstrait:
Les espèces de Candida sont connues pour causer des infections graves chez les patients immunodéprimés, mais des cas peu communs ont été rapportés chez des individus immunocompétents, indépendamment de la coexistence inoffensive des champignons avec l’hôte. Récemment, le taux d’incidence de la candidose a considérablement augmenté parallèlement à l’émergence d’une résistance antifongique. Bien que les méthodes conventionnelles permettant d’assurer un diagnostic rapide de la candidose en vue d’un traitement efficace aient été établies, le monde scientifique constate des progrès dans la mise au point de méthodes plus précises, plus rapides et plus rentables qui coïncident avec la révolution moléculaire et l’analyse avancée de l’ADN. De plus, les défis posés par la résistance de Candida aux agents antifongiques disponibles sont résolus par le déploiement de techniques moléculaires pour étudier les mécanismes de résistance. Cette revue tente de fournir des informations à jour sur les problèmes persistants de Candida en soulignant l’importance clinique, le diagnostic moléculaire et la résistance aux antifongiques candidats; les azoles et les echinocandins.

Mots-clés: Candida, résistance, diagnostic moléculaire, azole, echinocandine

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Candida species the silent enemy

 

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Experimental murine model of intra-abdominal infections caused by some non-albicans Candida species

*1Elkady, N. A., 2Elkholy, I. M., 3Mohammed, H. A., 1Elmehalawy, A. A., and 1Abdel-Ghany, K. 1Microbiology Department, Faculty of Science, Ain Shams University, Abbassia, 11566, Cairo, Egypt,
2Clinical Pathology Department, Ain Shams University Specialized Hospital Ain Shams University, Abbassia, 11566, Cairo, Egypt 3Zoology Department, Faculty of Science Ain Shams University, Abbassia, 11566, Cairo, Egypt
*Correspondence to: nadiaelkady@sci.asu.edu.eg; 02–01008853275; ORCID: https://orcid.org /0000-0001-5475-1326

Abstract:

Background: Even though intra-abdominal candidiasis (IAC) has been increasingly recognized, with associated high morbidity and mortality rates, its pathogenesis remains poorly understood. This model aims to study the pathogenicity and invivo susceptibility of non-albicans Candida species associated with IAC in human in order to predict the frequency of infections, outcome of clinical disease and response to antifungal therapy. Methodology: Both immunosuppressed and immunocompetent female CD-1 mice were challenged intraperitoneally with 5 x 108 CFU/ml inoculum of five non-albicans Candida strains; Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida lipolytica, Candida tropicalis and Candida guilliermondii. Mice were closely observed for symptoms. Treated groups received voriconazole (40 mg/kg/day) or micafungin (10 mg/kg/day) 24 hours after infection depending on invitro susceptibility results. Survival rate, mean survival time and fungal tissue burdens were recorded for all groups. Results: All infected groups developed hepatosplenomegaly, peritonitis and multiple abscesses on intra-abdominal organs and mesenteries. C. glabrata and C. lipolytica represented the most and the least virulent strains respectively in terms of survival rate, mean survival time and fungal burden in both immunosuppressed and immunocompetent models. Following treatment, all immunocompetent animals survived the entire duration of experiments (0% mortality rate), while mortality rate was relatively high (20-60%) in immunosuppressed mice. Treatment failed to eradicate the infection in immunosuppressed mice despite significant decrease of the fungal burden and increase mean survival time. Conclusion: This study reports an increasing pathogenicity of non-albicans Candida species, with persistent infection among immunosuppressed animals.

Keywords: Intra-abdominal, Candidiasis, non-albicans, invivo, mice.

Received April 9, 2019; Revised June 11, 2019; Accepted June 12, 2019 Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Modèle murin expérimental d’infections intra-abdominales causées par certaines espèces de Candida non albicans

*1Elkady, N. A., 2Elkholy, I. M., 3Mohammed, H. A., 1Elmehalawy, A. A., et 1Abdel-Ghany, K. 1Département de microbiologie, Faculté des sciences, Université Ain Shams, Abbassia, 11566, Le Caire, Égypte, 2Département de pathologie clinique, hôpital spécialisé Ain Shams University, université Ain Shams, Abbassia, 11566, Le Caire, Egypte
3Zoologie, faculté des sciences, université Ain Shams, Abbassia, 11566, Le Caire, Égypte *Correspondance à: nadiaelkady@sci.asu.edu.eg; 02-01008853275; ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5475-1326

Abstrait:
Contexte: Bien que la candidose intra-abdominale (CAI) soit de plus en plus reconnue, avec des taux de morbidité et de mortalité élevés associés, sa pathogenèse reste mal comprise. Ce modèle vise à étudier le pouvoir pathogène et la susceptibilité in vivo d’espèces de Candida non albicans associées à l’IAC chez l’homme afin de prédire la
Experimental intra-abdominal infections by non-albicans Candida Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2019; 20 (4): 268-279
269
fréquence des infections, l’évolution de la maladie clinique et la réponse au traitement antifongique. Méthodologie: Des souris femelles CD-1 immunodéprimées et immunocompétentes ont été stimulées par voie intrapéritonéale avec un inoculum de 5 x 108 UFC / ml de cinq souches Candida non albicans; Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida lipolytica, Candida tropicalis et Candida guilliermondii. Les symptômes ont été observés de près chez les souris. Les groupes traités ont reçu du voriconazole (40 mg/kg/jour) ou de la micafungine (10 mg/kg /jour) 24 heures après l’infection, en fonction des résultats de sensibilité invitro. Le taux de survie, la durée de survie moyenne et la charge en tissu fongique ont été enregistrés pour tous les groupes. Résultats: Tous les groupes infectés ont développé une hépatosplénomégalie, une péritonite et de multiples abcès aux organes intra-abdominaux et au mésentère. C. glabrata et C. lipolytica représentaient respectivement les souches les plus et les moins virulentes en termes de taux de survie, de durée de survie moyenne et de charge fongique dans les modèles immunodéprimés et immunocompétents. Après le traitement, tous les animaux immunocompétents ont survécu à toute la durée des expériences (taux de mortalité de 0%), tandis que le taux de mortalité était relativement élevé (20 à 60%) chez les souris immunodéprimées. Le traitement n’a pas réussi à éradiquer l’infection chez les souris immunodéprimées malgré une réduction significative de la charge fongique et une augmentation du temps de survie moyen. Conclusion: cette étude rapporte une pathogénicité croissante des espèces de Candida non albicans, avec une infection persistante chez les animaux immunodéprimés.

Mots-clés: intra-abdominal, candidose, non albicans, invivo, souris.

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Experimental murine model of intra-abdominal infections caused by some non-albicans Candida species

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Correlation of methicillin resistance and virulence genes of Staphylococcus aureus with infection types and mode of acquisition in Sofia, Bulgaria

1*Gergova, R. T., 1Tsitou, V. S., 2Gergova, I. I., 1Muhtarova, A. A., and 1Mitov, I. G.
1Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Medical University of Sofia, 2 Zdrave str., 1431-Sofia, Bulgaria
2Department of Military Epidemiology and Hygiene, Military Medical Academy, Sofia, Bulgaria *Correspondence to: rtgergova@gmail.com; +35929172547

Abstract:
Background: Infections due to methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) which is the most virulent species among the staphylococci have become a global health challenge. The aim of this study was to assess the correlation of genes encoding virulence and methicillin resistance in invasive and non-invasive isolates from inpatients/outpatients with staphylococcal infections in Sofia, Bulgaria. Materials and methods: Non-duplicate S. aureus isolates were recovered from clinical samples obtained from a total of 368 in-patients with healthcare-associated infections and outpatients with community acquired infections, following overnight cultures of samples on Columbia agar with 5% sheep blood at 35°C. The isolates were presumptively identified by colony and Gram stain morphology, positive catalase reaction and plasma-coagulase test. Isolates were screened for methicillin resistance by the cefoxitin disk method according to the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) protocol. The mecA and mecC, and 12 staphylococcal virulence genes were detected by a combination of monoplex and multiplex polymerase chain reaction (PCR) assays.
Results: The prevalence of MRSA based on carriage of mecA gene was 12%; 7.7% for outpatients and 16.2% for inpatients (p<0.05). The frequency of toxin genes detection in the staphylococcal isolates were as follows; sei (72.6%), seb (59.8%), seh (41.3%), sec (38.3%), seg (37.5%), sej (32.3%), sea (26.6%), sed (10.3%), tst (6.5%), and see (4.3%). The virulence genes, tst, sea, seb, sec, seg, seh and sei were more frequently associated with MRSA than methicillin sensitive (MSSA) strains (p<0.05). About one-third of the clinical S. aureus isolates harbored seven virulence genes; sea, seb, sec, see, seg, seh and sei, that were detected significantly more among the invasive isolates (p<0.05).
Conclusions: This study shows the occurrence of highly virulent staphylococcal isolates in our geographical region.

Key words: Staphylococcus aureus, virulence, methicillin resistance

Received May 17, 2019; Revised June 5, 2019; Accepted June 7, 2019 Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Corrélation des gènes de résistance à la méthicilline et de virulence de Staphylococcus aureus avec les types d’infection et le mode d’acquisition à Sofia, Bulgarie

1*Gergova, R. T., 1Tsitou, V. S., 2Gergova, I. I., 1Muhtarova, A. A., et 1Mitov, I. G.
1Département de microbiologie médicale, Faculté de médecine,
Université médicale de Sofia, 2, Zdrave str., 1431-Sofia, Bulgarie
2Département d’épidémiologie et d’hygiène militaires, Académie de médecine militaire, Sofia, Bulgarie *Correspondence à: rtgergova@gmail.com; +35929172547

Abstrait:

Contexte: Les infections dues à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) l’espèce la plus virulente parmi les staphylocoques, sont devenues un problème de santé mondial. Le but de cette étude était
Methicillin resistance and virulence genes of S. aureus Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2019; 20 (4): 280-288
281
d’évaluer la corrélation des gènes qui codant pour la virulence et la résistance à la méthicilline avec des isolats invasifs ou non invasifs de patients hospitalisés/ambulatoires patients infectés par le staphylocoque dans Sofia, Bulgarie. Matériels et méthodes: Des isolats de S. aureus non dupliqués ont été récupérés à partir d’échantillons cliniques prélevés chez 368 patients atteints d’infections associées aux soins de santé et de patients ambulatoires présentant des infections acquises en communauté, après avoir effectué des cultures pendant la nuit d’échantillons sur de la gélose Columbia contenant 5% de sang de mouton à 35°C. Les isolats ont été présumés identifiés par la morphologie de la colonie et de la coloration de Gram, la réaction positive à la catalase et le test plasma-coagulase. Les isolats ont été criblés pour la résistance à la méthicilline par la méthode de la céfoxitine selon le protocole du Comité européen sur les tests de sensibilité aux antimicrobiens (EUCAST). Les gènes mecA et mecC, ainsi que 12 gènes de virulence staphylococcique ont été détectés par une combinaison de tests de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) monoplex et multiplex. Résultats: La prévalence de SARM basée sur le portage du gène mecA était de 12%; 7,7% pour les patients ambulatoires et 16,2% pour les patients hospitalisés (p<0,05). La fréquence de détection des gènes de toxines dans les isolats de staphylocoques était la suivante: sei (72,6%), seb (59,8%), seh (41,3%), sec (38,3%), seg (37,5%), sej (32,3%), sea (26,6%), sed (10,3%), tst (6,5%) et see (4,3%). Les gènes de virulence, tst, sea, seb, sec, seg, seh et sei étaient plus fréquemment associés à SARM que les souches sensibles à la méthicilline (MSSA) (p<0,05). Environ un tiers des isolats cliniques de S. aureus portaient sept gènes de virulence; sea, seb, sec, see, seg, seh et sei, qui ont été détectés significativement plus parmi les isolats invasifs (p<0,05). Conclusion: Cela crée un risque de propagation d’isolats très virulents dans la région géographique

Mots-clés: Staphylococcus aureus, virulence, résistance à la méthicilline

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Correlation of methicillin resistance and virulence genes of Staphylococcus aureus with infection types and mode of acquisition in Sofia, Bulgaria

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Characterization of antibiotic resistance and species diversity of staphylococci isolated from apparently healthy farm animals

*Igbinosa, E. O., and Beshiru, A
Applied Microbial Processes & Environmental Health Research Group,
Department of Microbiology, Faculty of Life Sciences, University of Benin, PMB 1154, Benin City, Nigeria *Correspondence to: eigbinosa@gmail.com

Abstract:
Background: Staphylococcus species are adaptable commensals usually involved in a diverse multiplicity of ailments in animals and humans. This study surveyed the occurrence, antibiotic-resistance profile and putative resistant genetic elements of staphylococci isolates from apparently healthy farm animals Methodology: Nasal and rectal samples were collected from a total of 400 cows and pigs in Benin City between May and December 2017. Staphylococci were isolated following aerobic cultures of samples using standard microbiological methods. Susceptibility profiles of the isolates to eighteen selected antimicrobials were determined using the Kirby-Bauer disk diffusion test. Species of staphylococci were established and antibiotic resistance genes detected by the polymerase chain reaction using species-specific and antibiotic-resistant primers respectively Result: A total of 139 staphylococci isolates were phenotypically and genotypically identified from the food-producing animals; 87 (62.6%) from pigs and 52 (37.4%) from cows. The most frequent Staphylococcus species were Staphylococcus haemolyticus 38 (27.3%), Staphylococcus aureus 27 (19.4%) and Staphylococcus capitis 21 (15.1%). Antibiotic resistance profile showed 120 (86.3%) isolates to be resistant to penicillin G, 100 (71.9%) to nalidixic acid and 99 (71.2%) to minocycline. The prevalence of antibiotic resistance genes assessed were mecA 78 (56.1%), mphC 23 (16.6%), and ermA 20 (14.4%). Conclusion: Our finding indicates that food animals are potential reservoirs of antibiotic resistant staphylococci which pose a significant threat to food security and public health.

Keywords: food animals; antibiotic-resistant; foodborne pathogen; staphylococci; resistance elements

Received March 21, 2019; Revised May 22, 2019; Accepted May 27, 2019
Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Caractérisation de la résistance aux antibiotiques et de la diversité des espèces de staphylocoques isolés d’animaux de ferme apparemment en bonne santé

*Igbinosa, E. O., et Beshiru, A
Groupe de recherche sur les processus microbiens appliqués et la santé environnementale, Département de microbiologie, Faculté des sciences de la vie, Université du Bénin, PMB 1154, Benin City, Nigéria. *Correspondance à: eigbinosa@gmail.com

Abstrait:
Contexte: Les espèces de Staphylococcus sont des agents commensaux adaptables généralement impliqués dans une grande diversité de maladies chez les animaux et les humains. Cette étude a examiné l’occurrence, le profil de résistance aux antibiotiques et les éléments génétiques potentiellement résistants d’isolats de staphylocoques provenant d’animaux d’élevage apparemment en bonne santé. Méthodologie: Des échantillons nasaux et rectaux ont été prélevés chez 400 vaches et porcs au total dans la ville de Benin City entre mai et décembre 2017. Les staphylocoques ont été isolé suite à des cultures aérobies d’échantillons à l’aide de méthodes microbiologiques standard. Les profils de sensibilité des isolats à dix-huit antimicrobiens sélectionnés ont été déterminés à l’aide du test de diffusion sur disque Kirby-Bauer. Les espèces
Antibiotic resistant staphylococci from healthy farm animals Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2019; 20 (4): 289-298
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de staphylocoques ont été établies et les gènes de résistance aux antibiotiques ont été détectés par réaction en chaîne de la polymérase en utilisant respectivement des amorces spécifiques à l’espèce et des bactéries résistantes aux
Résultat: Un total de 139 isolats de staphylocoques ont été identifiés phénotypiquement et génotypiquement à partir des animaux producteurs d’aliments. 87 (62,6%) de porcs et 52 (37,4%) de vaches. Les espèces de Staphylococcus les plus fréquentes étaient Staphylococcus haemolyticus 38 (27,3%), Staphylococcus aureus 27 (19,4%) et Staphylococcus capitis 21 (15,1%). Le profil de résistance aux antibiotiques a montré que 120 (86,3%) des isolats étaient résistants à la pénicilline G, 100 (71,9%) à l’acide nalidixique et 99 (71,2%) à la minocycline. La prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques évalués était mecA 78 (56,1%), mphC23 (16,6%) et ermA 20 (14,4%). Conclusion: nos résultats indiquent que les animaux destinés à l’alimentation sont des réservoirs potentiels de staphylocoques résistants aux antibiotiques qui constituent une menace importante pour la sécurité alimentaire et la santé publique

Mots-clés: animaux d’élevage; résistant aux antibiotiques; agent pathogène d’origine alimentaire; staphylocoques, éléments de résistance

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Characterization of antibiotic resistance and species diversity of staphylococci isolated from apparently healthy farm animals

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Biochemical and bacteriological profiles of asymptomatic bacteriuria among school children in Ago-Iwoye, Nigeria

Popoola, O. D., Agu, G. C., Oyeyipo, F. M., and *Thomas, B. T.
Department of Microbiology, Olabisi Onabanjo University, Ago Iwoye, Ogun State, Nigeria
*Correspondence to: benthoa2013@gmail.com; ORCID: http://orcid.org/0000-0003-0675-5749

Abstract:
Background: Asymptomatic bacteriuria (ASB) in children is a predisposing factor to symptomatic urinary tract
infection (UTI) that may be complicated by blood stream infections if not appropriately treated with resultant
mortality or morbidity. The objectives of this study are to determine the prevalence of ASB, and evaluate both
biochemical and bacteriological characteristics of urine samples of primary school pupils in Ago-Iwoye, Ijebu North
Local Government Area (LGA), Ogun State, Nigeria.
Methodology: Three hundred and seventy-two (186 males and 186 females) apparently healthy (asymptomatic)
pupils aged 2-16 years from four randomly selected primary schools in the LGA were screened for ASB. Clean catch
specimen of midstream urine was collected from each subject. Biochemical analysis of the urine was performed
with Combi 10 reagent strip. MacConkey and Cysteine Lactose Electrolyte Deficient (CLED) agar plates were
inoculated with calibrated wireloop delivering 0.01 ml of urine for aerobic culture at 37oC for 24 hours.
Identification of significant bacteria on culture plates was done using conventional biochemical tests.
Results: The frequency of clear, slightly turbid and turbid urine were 31 (8.3%), 99 (26.6%) and 56 (15.1%)
respectively. All analyzed urine samples were alkaline and negative for ketone, glucose and blood, but contained
protein in 230 (61.8%), bilirubin in 184 (49.5%), nitrites in 64 (17.2%) and urobilinogen in 14 (3.7%) subjects.
The prevalence of significant bacteriuria was 11.8% (44 of 372) with 7.0% in males and 16.7% in females (p =
0.0063). The frequency of bacteria isolated in descending order were Escherichia coli 61.4%, Staphylococcus
saprophyticus 61.4%, Staphylococcus aureus 45.5%, Bacillus subtilis 45.5%, Enterococcus faecalis 43.2%,
Enterobacter spp 36.4%, Serratia marscencen 31.8%, Klebsiella pneumoniae 22.7%, Proteus mirabilis 22.7% and
Pseudomonas aeruginosa 20.5%.
Conclusion: This result highlights the presence of significant bacteriuria among apparently healthy pupils in the
study area, with higher prevalence in the female pupils. The apparent risk of developing symptomatic UTI with the
attendant complications in these pupils should spur preventive education of parents/guardians and the general
populace about this entity.

Keywords: Asymptomatic bacteriuria, S. saprophyticus, morbidity, prevalence, primary school pupils

Received April 11, 2019; Revised June 09, 2019; Accepted June 12, 2019
Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0
International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction
in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Profils biochimiques et bactériologiques de la bactériurie
asymptomatique chez des écoliers à Ago-Iwoye, Nigéria

Popoola, O. D., Agu, G. C., Oyeyipo, F. M., et *Thomas, B. T.
Département de microbiologie, Université Olabisi Onabanjo, Ago-Iwoye, État d’Ogun, Nigéria
*Correspondance à: benthoa2013@gmail.com; ORCID: http://orcid.org/0000-0003-0675-5749

Abstrait:
Contexte: La bactériurie asymptomatique chez l’enfant est un facteur prédisposant à l’infection symptomatique
des voies urinaires qui peut se compliquer d’infections du flux sanguin s’il n’est pas traité correctement avec la
Asymptomatic bacteriuria in school children Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2019; 20 (4): 299-305
300
mortalité ou la morbidité qui en résulte. Les objectifs de cette étude sont de déterminer la prévalence d’ASB et
d’évaluer les caractéristiques biochimiques et bactériologiques d’échantillons d’urine d’élèves du primaire à Ago-
Iwoye, région du gouvernement local d’Ijebu North, État d’Ogun, au Nigéria.
Méthodologie: Trois cent soixante douze (186 garçons et 186 filles) des élèves apparemment sains
(asymptomatiques) âgés de 2 à 16 ans de quatre écoles primaires sélectionnées au hasard dans la LGA ont été
soumis à un dépistage du PNA. Des échantillons de capture d’urine à mi-parcours ont été recueillis chez chaque
sujet. L’analyse biochimique de l’urine a été réalisée avec une bandelette de réactif Combi 10. Des plaques de
gélose MacConkey et Cysteine Lactose Déficient en électrolyte (CLED) ont été inoculées avec du fil électrolytique
calibré, délivrant 0,01 ml d’urine pour une culture aérobie à 37 ° C pendant 24 heures. L’identification des
bactéries significatives sur des plaques de culture a été réalisée à l’aide de tests biochimiques classiques
Résultats: La fréquence des urines claires, légèrement troubles et troubles était respectivement de 31 (8,3%), 99
(26,6%) et 56 (15,1%). Tous les échantillons d’urine analysés étaient alcalins et négatifs pour la cétone, le glucose
et le sang, mais contenaient des protéines chez 230 (61,8%), de la bilirubine chez 184 (49,5%), des nitrites chez
64 (17,2%) et de l’urobilinogène chez 14 (3,7%). La prévalence de la bactériurie significative était de 11,8% (44
sur 372) avec 7,0% chez les hommes et 16,7% chez les femmes (p = 0,0063). La fréquence des bactéries isolées
par ordre décroissant était Escherichia coli 61,4%, Staphylococcus saprophyticus 61,4%, Staphylococcus aureus
45,5%, Bacillus subtilis 45,5%, Enterococcus faecalis 43,2%, Enterobacter spp 36,4%, Serratia marcescens
31,8%, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis 22,7% et Pseudomonas aeruginosa 20,5%.
Conclusion: Ce résultat met en évidence la présence d’une bactériurie significative chez les élèves apparemment
en bonne santé dans la zone d’étude, avec une prévalence plus élevée chez les élèves de sexe féminin. Le risque
apparent de développer une infection urinaire symptomatique accompagnée des complications associées chez ces
élèves devrait inciter à l’éducation préventive des parents / tuteurs et de la population en général sur cette entité.

Mots-clés: bactériurie asymptomatique, S. saprophyticus, morbidité, prévalence, élèves du primaire

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Biochemical and bacteriological profiles of asymptomatic bacteriuria among school children in Ago-Iwoye, Nigeria

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Bacteria urinary tract infection in HIV-infected children and adolescents in Abuja, Nigeria: a cross-sectional study

  1. 1Okechukwu, A. A., and 2Thairu, Y. Departments of 1Paediatrics and 2Microbiology, University of Abuja Teaching Hospital, Gwagwalada, Abuja, Nigeria
    Correspondence to: nebokest@yahoo.com; +2348036719906

Abstract:

Background: Urinary tract infection (UTI) remains the second commonest opportunistic infections among HIV infected children. This study was conducted to determine the prevalence and causative bacteria of UTI in HIV infected children and adolescents on antiretroviral medications in our health institution. Method: The study was a cross sectional design conducted between October 2017 and March 2018 among HIV infected children and adolescents aged 2 months to 18 years on follow up attendance at the Paediatric Outpatient Special Treatment Clinic (POSTC) of University of Abuja Teaching Hospital (UATH). Early morning midstream urine was collected from each participant for urinalysis, microscopy and aerobic bacterial culture. Bacteria were identified from culture by standard microbiological methods and antibiogram of the isolates was determined by the disk diffusion method. Result: Of 166 HIV infected children and adolescents studied, 106 (63.9%) were males, 82 (49.4%) were in age group 5-10 years, and 110 (66.3%) were from lower socio-economic class. Significant bacteria (UTI) were isolated in 54 (32.5%) subjects, with 38 (70.4%) from females, and 51 (94.4%) from those on first line antiretroviral therapy. Isolates recovered were Escherichia coli 20 (37.0%), Klebsiella pneumoniae 16 (29.6%), Staphylococcus aureus 8 (14.8%), Pseudomonas aeruginosa 6 (11.1%), and Proteus mirabilis 4 (7.4%). Leucocyturia in 19 (35.2%), nitrituria in 10 (18.5%), and haematuria in 15 (27.8%) subjects with significant bacteriuria were also recorded. Isolates were sensitive to ofloxacin (81.5%), nalidixic acid (74.1%) and cefuroxime (61.1%), while they were resistant to cotrimoxazole (100%), ampicillin (98.1%) and piperacillin (94.4%). Significant difference was observed in the mean CD4 cell count and viral load of subjects with significant bacteriuria compared to those without; 838.6 ± 177.8 versus 1009.9 ± 234.7 cells/μL (p=0.02), and 10, 360.5 ± 471.0 versus 5, 840.8 ± 563.8 copies/ml (p=0.003) for CD4 cell count and viral load respectively. Conclusion: This study reported a high prevalence of UTI among HIV infected children and adolescents, especially in those with high viral load. Routine screening for UTI should be offered to HIV infected children and adolescents with high viral load.

Keywords: HIV, urinary tract infection, children, adolescents

Received March 4, 2019; Revised June 22, 2019; Accepted July 13, 2019
Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (http://creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Infection des voies urinaires par des bactéries chez des enfants et des adolescents infectés par le VIH à Abuja, au Nigeria: étude transversale

1Okechukwu, A. A., et 2Thairu, Y.
Départements de 1pédiatrie et 2microbiologie, Hôpital universitaire de Abuja, Gwagwalada, Abuja, Nigeria Correspondance à: nebokest@yahoo.com; +2348036719906
Bacteria UTI in HIV infected children and adolescents Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2019; 20 (4): 306-314
307
Abstrait:

Contexte: L’infection des voies urinaires (UTI) reste la deuxième infection opportuniste la plus répandue chez les enfants infectés par le VIH. Cette étude a été menée pour déterminer la prévalence et la bactérie causale des infections urinaires chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH prenant des antirétroviraux dans notre établissement de santé. Méthode: L’étude était une conception transversale menée entre octobre 2017 et mars 2018 chez des enfants et des adolescents infectés par le VIH âgés de 2 mois à 18 ans et suivis à la Clinique de traitement spécial pour enfants ambulatoires (POSTC) de l’Hôpital universitaire de Abuja (UATH) ). Des échantillons d’urine, de microscopie et de cultures bactériennes aérobies ont été recueillis chez chaque participant. Les bactéries ont été identifiées à partir de cultures par des méthodes microbiologiques standard et l’antibiogramme des isolats a été déterminé par la méthode de diffusion sur disque. Résultat: Sur 166 enfants et adolescents infectés par le VIH étudiés, 106 (63,9%) étaient des hommes, 82 (49,4%) étaient âgés de 5 à 10 ans et 110 (66,3%) appartenaient à la classe socio-économique inférieure. Des bactéries significatives (UTI) ont été isolées chez 54 sujets (32,5%), dont 38 (70,4%) de femmes et 51 (94,4%) de celles sous traitement antirétroviral de première intention. Les isolats récupérés étaient Escherichia coli 20 (37,0%), Klebsiella pneumoniae 16 (29,6%), Staphylococcus aureus 8 (14,8%), Pseudomonas aeruginosa 6 (11,1%) et Proteus mirabilis 4 (7,4%). Une leucocyturie chez 19 sujets (35,2%), une nitriturie chez 10 (18,5%) et une hématurie chez 15 sujets (27,8%) présentant une bactériurie importante ont également été enregistrés. Les isolats étaient sensibles à l’ofloxacine (81,5%), à l’acide nalidixique (74,1%) et au céfuroxime (61,1%), tandis qu’ils étaient résistants au cotrimoxazole (100%), à l’ampicilline (98,1%) et à la pipéracilline (94,4%). Une différence significative a été observée entre le nombre moyen de cellules CD4 et la charge virale des sujets présentant une bactériurie significative par rapport à ceux ne présentant pas; 838,6 ± 177,8 par rapport à 1009,9 ± 234,7 cellules/μL (p = 0,02) et 10, 360,5 ± 471,0 par rapport à 5 840,8 ± 563,8 copies/ml (p = 0,003) pour le nombre de cellules CD4 et la charge virale, respectivement. Conclusion: Cette étude a révélé une prévalence élevée d’UTI chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH, en particulier chez ceux ayant une charge virale élevée. Un dépistage systématique des infections urinaires doit être proposé aux enfants et aux adolescents à charge virale élevée infectés par le VIH

Mots-clés: VIH, infection des voies urinaires, enfants, adolescents

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Bacteria urinary tract infection in HIV-infected children and adolescents in Abuja, Nigeria a cross-sectional study