Ebola Virus Diseases

A Elisha, B Adegboro

 

Abstract

Since the first reported outbreak of Ebola in 1976, there have been approximately 25 outbreaks all of which, except two, have been reported only in east and central Africa. The current outbreak and a single case reported in 1994 in Ivory Coast are the only two outbreaks in West Africa (7). However, the current outbreak, which stared in Guinea (Bissau) in March 2014, remains the deadliest today and the epidemic is still ongoing. New cases are reported daily, particularly in Liberia. This outbreak is unprecedented in many ways. It is the most persisting, lasting more than five months. The spread is across nations and has the largest number of victims. Close to 1500 individuals are dead and very close to 3000 people are infected. More doctors and nurses and other health care workers are infected when compared with previous outbreaks. Over 240 healthcare workers are infected with more than 120 deaths (7). This outbreak also has the least fatality when compared to previous outbreaks. So far, 47% of those infected survive the disease. This work outlines the previous outbreaks and gives a brief  summary of current knowledge about EVD.

 

Depuis le premier cas d’épidémie rapporté en 1976, il y a eu environ 25 foyers épidémiques tous, excepté deux, ont été signalés seulement en Afrique orientale et centrale. L’épidémie actuelle et un seul cas rapporté en 1994 en Côte d’Ivoire sont les deux seuls foyers épidémiques d’Afrique de l’Ouest.Cependant, l’épidémie actuelle reste la plus meurtrière à ce jour et l’épidémie est toujours en cours. Des nouveaux cas sont signalés chaque jour, particulièrement au Libéria. Cette épidémie est sans précédent à bien des égards. Elle est la plus persistante, durant plus de cinq mois. La propagation est entre les nations et a le plus grand nombre de victimes. Près de 1500 personnes sont mortes et près de 3000 personnes infectées. Plusieurs médecins et  infirmiers et autres travailleurs de santé sont infectés par rapport aux épidémiesprécédentes. Plus de 240 travailleurs de santé sont infectés avec plus de 120 décès. Cette épidémie a également le moins de décès par rapport aux épidémies précédentes. Jusqu’à présent, 47% de personnes infectées survivent à la maladie. Ce travail présente les épidémies précédentes et donne un bref résumé des connaissances actuelles sur les infections de virus d’Ebola.

Article in English.

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Ebola Virus Diseases

 

Polymerase Chain Reaction (PCR) provides a superior tool for the diagnosis of Pneumococcal Infection in Burkina Faso

Y Chaibou, M Congo/Ouedraogo, I Sanou, H Somlare, K Ouattara, CM Kienou, H Belem, E Sampo, SA Traore, R Traore/Ouedraogo, C Hatcher, L Mayer, X Wang, L Sangare

 

Abstract

Purpose of study: The aim of this study was to determine the value of real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) in the routine surveillance of pneumococcal meningitis in Burkina Faso, compared to standard methods of culture, Gram stain and latex agglutination assay.
Materiel and methods: A total of 385 specimens of cerebrospinal fluid were analyzed by the three standard bacteriological methods (Gram stain, latex agglutination assay, and culture) and real-time Polymerase Chain Reaction.
Results: Of 385 specimens analyzed by these methods, 204 S. pneumoniae were detected by one or more  methods. Gram stain detected 36.4% (140/385) Gram positive encapsulated diplococci; 37.7% (145/385) and 20.8% (80/385) of the specimens were positive for pneumococci by latex agglutination assay and culture. These specimens were tested with rt-PCR, which confirmed 51.2% (197/385) S. pneumoniae positive. The sensitivity and specificity of culture were 54.4% and 31.5%, respectively, and the sensitivity and specificity of rt-PCR were 96.6% and 100%, respectively. These results showed that rt-PCR was more sensitive than Gram stain (p=0.0235), latex agglutination assay (p=0.0442)and culture (p=0.0006).The culture is the gold standard method; however, the result showed that rt-PCR had specificity and was as specific as Gram stain (p=0.3405) and latex agglutination assay (p=0.7745).
Conclusion: rt-PCR was highly sensitive and specific. It could be used as a complementary diagnostic tool to  mprove case confirmation of bacterial meningitis. However,its high cost, the qualification of the technical staff and infrastructures required for its implementation, constitute obstacles to its widened use in countries with limited resources.

Keywords: Streptococcus pneumoniae, meningitis, rt-PCR, standard bacteriological methods

 

Objectif: Le but de cette étude était de déterminer la place de la rt-PCR dans la surveillance de routine de
méningitespneumococciquesau Burkina Faso et la comparée avec les méthodes de la bactériologie classique: Culture, coloration de Gram et l’agglutination au latex.
Matériel etméthodes: Au total, 385 échantillons deliquides céphalorachidiens (LCR)étaient analysés par les trois méthodes de la bactériologie classique (coloration de Gram, agglutination au latex, culture) et la PCR en temps réel.

RESULTATS: Parmi 385 échantillons analysés, 204 cas de Streptococcuspneumoniae étaient détectés par une ou plusieurs méthodes. La coloration de Gram adétecté 36,4% (140/385) diplocoques encapsulés à Gram positif (DGP); 37,7% (145/385) et 20,8% (80/385) d’échantillons étaient positifs aux pneumocoques par l’agglutination au latex et la culture. Ces échantillons étaient aussi testés par rt-PCR qui a confirmé 51,2% (197/385) cas positifs de S. pneumoniae. La sensibilité et la spécificité de la culture étaient respectivement de 54,4% et 31,5%, et la sensibilité et la spécificité de rt-PCR étaient respectivement de 96,6% et 100%. Ces résultats ont montré que la rt-PCR était plus sensible que la coloration de Gram (p=0,0235), l’agglutination au latex (p=0,0442) et la  culture(p=0,0006).La culture est une méthode de référence; cependant, le résultat a montré que rt-PCR était plus sensibleet aussi spécifique que la coloration de Gram ((p=0,3405)et l’agglutination au latex (p=0,7745).
Conclusion : :rt-PCR était plus sensible et plus spécifique. Elle pourrait être utilisée comme un outil de diagnostic
complémentaire pour améliorer les cas de confirmation de méningites bactériennes. Cependant, ces coûts de réalisation, la qualification de techniciens et les matériels pour son application constituent des obstacles pour sa vulgarisation dans les pays à ressources limités.

Keywords: Streptococcus pneumoniae, méningites, rt-PCR, méthodes de la bactériologie classique

Article in English.

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Polymerase Chain Reaction (PCR) provides a superior tool for the diagnosis of Pneumococcal Infection in Burkina Faso

 

 

Incidence and Distribution of Multi-Drug Resistant Pathogens from Clinical Samples in a Tertiary Hospital in South-South Nigeria

O Iyoha, MY Tula

 

Abstract

Background
Antibiotics have proven to be a dynamic category of drugs in the fight against infectious bacteria. However, antibiotic
resistance is one of the greatest current challenges to the effective treatment of infections and there is every indication that
antibiotic resistance will become an even greater challenge in the future.
Methodology
Ten clinical samples with varying frequencies were analyzed for bacterial growth, antibiotic susceptibility testing and
multiple antibiotic resistances. The clinical samples includes; urine (42%), wound swab (21.33%), blood (10%), ear swab
(9.33%), catheter tip (5.33%), endocervical swab (4.67%), high vaginal swab (HVS) (2.67%), urethral swab (2.67%), pus
(1.33%) and antral aspirate (0.67%).
Results
A total of 150 bacterial isolates distributed among these ten (10) clinical samples were identified, of which Staphylococcus
aureus (30%) was the most predominant, while Klebsiella oxytocaCitrobacter spp. and Streptococcus spp. were the least
(0.67%). These were tested for sensitivity against 9 antibiotics. The resistance rate observed was as follows; cefuroxime
(93%), ceftazidime (87%), gentamycin (79%), augmentin (70%), cloxacillin (67%), ofloxacin (54%), ciprofloxacin (51%),
ceftriaxone (38%) and ocefix (34%). One hundred and forty-three (95.3%) of the isolates showed multiple resistance against
3 – 8 antibiotics. None was resistant to as few as 1 – 2 antibiotics.
Conclusion
The high susceptibility to some antibiotics such as ceftriaxone and ocefix could be a welcoming relief, since they can be
used to address the problem of resistance in this area. There is need for nationwide surveillance programme to monitor
microbial trends and antimicrobial resistance patterns in Nigeria.

Key words: multi-drug resistant, clinical samples, Staphylococcus aureus, ocefix.

 

Contexte
Les antibiotiques se sont démontrés être une catégorie dynamique des médicaments pour lutter contre les infections
bactériennes. Cependant, la résistance aux antibiotiques est l’un des grands défis actuels pour le traitement efficace des
infections et tout porte à croire que la résistance aux antibiotiques devient un défi encore plus grand à l’avenir.
Méthodologie
Dix échantillons cliniques avec leurs grandes fréquences ont été analysés par la culture bactériennes, le teste de sensibilité
aux antibiotiques et le teste de la multirésistance aux antibiotiques. Les échantillons cliniques sont constitués de l’urine
(42%), de pus de la plaie (21,33%), de sang (10%), de prélèvement d’oreille (9,33%), d’extrémité du cathéter (5,33%), de
prélèvement d’endocervical (4,67%), de prélèvement vaginal (2,67%), de prélèvement urétral (2,67%), de pus (1,33%), de
ponctionantrale(0,67%).
Résultats
Au total, 150 souches bactériennes réparties parmi les dix (10) échantillons cliniques ont été identifiées, parmi lesquelles
Staphylococcus aureus (30%) était le plus prédominant, alors que Klebsiellaoxytoca,Citrobacter spp et Streptococcus spp
étaient les moindres (0,67%). Ils ont été testés pour la sensibilité de 9 antibiotiques. Le taux de résistance observé était le suivant: céfuroxime (93%), ceftazidime (87%), gentamicine (79%), augmentin (70%), cloxacilline (67%), ofloxacine (54%),
ciprofloxacine (51%), ceftriaxone (38%) etocefix (34%). Cent-quarante-trois (95,3%) d’isolats ont montré la multi-résistance
contre 3 à 8 antibiotiques. Aucune souche n’a été résistante à moins de 1 à 2 antibiotiques.
Conclusion
La forte sensibilité de certains antibiotiques tels que la ceftriaxone et l’ocefix pourraient être un ouf de soulagement, car ils
peuvent être utilisés pour résoudre le problème de la résistance dans cette région. Il est nécessaire pour le programme
national de surveillance pour suivre les tendances microbiennes et les situations de résistance aux antimicrobiens au
Nigeria.

Mots clés: multi-résistance aux antibiotiques, échantillons cliniques, Staphylococcus aureus, ocefix.

Article in English.

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Incidence and Distribution of Multi-Drug Resistant Pathogens from Clinical Samples in a Tertiary Hospital in South-South Nigeria.