Yellow fever in Nigeria: a review of the current situation

*1Adogo, L. Y., and 2Ogoh, M. O.
1Department of Biological Sciences, Faculty of Science and Technology, Bingham University, Karu, Nasarawa State, Nigeria 2Institute of Human Virology, Abuja, Nigeria *Correspondence to: adogolillian@gmail.com

Abstract:

Several African countries including Nigeria have been battling with public health challenges for decades. Nigeria is currently facing several public health emergencies including cholera, circulating vaccine-derived poliovirus infection, cerebrospinal meningitis, monkey pox, measles, Lassa fever, and Yellow fever outbreaks in some states, as well as a humanitarian crisis in the northeast region of the country. Sporadic outbreaks of Yellow fever have been occurring in the country since September 2017 involving all thirty six states of the Federation, resulting in about 90 deaths (case fatality rate of 2.2%) and 31 deaths among confirmed cases (case fatality rate of 19.0%). Although, there is currently no specific treatment for Yellow fever, vaccination with the Yellow fever vaccine provides life-long protection, and is the most important means of preventing the disease. Despite the availability of an effective vaccine, the re-emergence of Yellow fever is directly correlated with its continuous dissemination in several countries to date. Timely detection of Yellow fever and rapid response through emergency vaccination campaigns are essential for controlling outbreaks. Vector surveillance and control are important components of reducing transmission in epidemic situations. This review attempts to provide update information on the current situation of Yellow fever in Nigeria with highlights on the history, pathogenesis and diagnosis of the disease.

Key words: Yellow fever, Nigeria, Outbreaks, Mosquitoes

Received August 24, 2019; Revised September 25, 2019; Accepted September 28, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Fièvre jaune au Nigéria: état des lieux

*1Adogo, L. Y., et 2Ogoh, M. O.
1Département des sciences biologiques, Faculté des sciences et technologies, Université de Bingham, Karu, État de Nasarawa, Nigéria 2Institut de virologie humaine, Abuja, Nigeria *Correspondance à: adogolillian@gmail.com Abstrait:
Plusieurs pays africains, dont le Nigéria, luttent contre des problèmes de santé publique depuis des décennies. Le Nigéria est actuellement confronté à plusieurs urgences de santé publique, y compris le choléra, une infection à poliovirus en circulation, une méningite cérébro-spinale, la variole du singe, la rougeole, la fièvre de Lassa et la fièvre jaune dans certains États, ainsi qu’une crise humanitaire dans le nord-est du pays. Des épidémies sporadiques de fièvre jaune se sont produites dans le pays depuis septembre 2017 dans les trente-six États de la Fédération, entraînant environ 90 décès (taux de létalité de 2,2%) et 31 décès parmi les cas confirmés (taux de létalité de 19,0%). Bien qu‟il n‟existe actuellement aucun traitement spécifique contre la fièvre jaune, la vaccination avec le vaccin contre la fièvre jaune offre une protection à vie et constitue le principal moyen de prévention de la maladie. Malgré la disponibilité d’un vaccin efficace, la réémergence de la fièvre jaune est directement corrélée à sa diffusion continue dans plusieurs pays à ce jour. La détection rapide de la fièvre jaune et une réponse rapide au moyen de campagnes de vaccination d’urgence sont essentielles pour contrôler les épidémies. La surveillance et le contrôle des vecteurs sont des éléments importants de la réduction de la transmission en situation épidémique. Cette revue tente de fournir des informations actualisées
sur la situation actuelle de la fièvre jaune au Nigéria, en mettant en évidence l’histoire, la pathogenèse et le
diagnostic de la maladie

Yellow fever update in Nigeria Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21(1): 1 – 13

Mots-clés: fièvre jaune, Nigéria, épidémies, moustiques

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Yellow fever in Nigeria: a review of the current situation

Fungal neonatal and infantile sepsis in Egypt: risk factors and identification of fungal isolates

1*Ahmed, S. H., 2Mokhtar, E. M., 3El-Kholy, I. M., 4El Essawy, A. K., 1El-Din, A. A., and 1Shetaia, Y. M.
1Microbiology Department, Faculty of Science, Ain Shams University, Cairo, Egypt 2Microbiology Department, Abou Al-azayem Hospital, Cairo, Egypt 3Clinical Pathology Department, Ain Shams University Specialized Hospital, Ain Shams University, Cairo, Egypt 4Microbiology Department, Ain Shams University Specialized Hospital, Ain Shams University Cairo, Egypt, *Correspondence to: sara_saifelnasr@hotmail.com; 00971563993304

Abstract:

Background: Invasive fungal diseases (IFDs) are opportunistic infections associated with significant mortality in paediatric patients, especially in those with compromised immune system and neonates with very low birth weight (VLBW). The objectives of this study are to determine the prevalence, clinical features and fungi isolates of neonatal sepsis in three hospitals in Egypt. Methodology: The study is a cross sectional survey of 176 neonates with clinical sepsis admitted to the neonatal intensive care units (NICU) of the three hospitals over a period of one year (February 2015 to January 2016). A minimum of two blood samples (collected within 24 hours) from each neonate were cultured for bacteria in automated BacT/AlerT and conventional culture bottles, while Saboraud-Brain Heart Infusion broth was inoculated for fungi culture. Positive growths from the broth were sub-cultured on Sabouraud Dextrose Agar (SDA) plates for aerobic incubation at 25oC and 37oC for 2 weeks. Identification of fungi colonies on SDA was by conventional morphology and confirmation on chromogenic agar media. Phylogenetic analysis of representative fungi isolates was done by partial nucleotide sequencing of D1-D2 domain of the large subunit rRNA gene.
Results: Of the 176 neonates, blood culture was positive for pathogens in 55 (31.3 %) samples and fungi were isolated in 26 (14.8 %); yeast (25) and mould (1). The commonly isolated yeasts were Candida albicans, Candida tropicalis, and Candida krusei representing 34.6%, 30.8% and 23.1%, respectively of the total fungi isolated. The phylogenetic analysis in comparison to Genbank data showed defined clades for Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Candida albicans and Pichia kudriavzevii
Conclusion: This current study highlights the changing pattern of neonatal infections in Egypt caused by Candida, with increasing incidence of infections caused by non-albicans Candida species.

Key words: fungal infection, neonatal, risk factors, PCR, yeast

Received July 4, 2019; Revised September 16, 2019; Accepted September 18, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Infection fongique néonatale et infantile en Égypte: facteurs de risque et identification des isolats fongiques

1*Ahmed, S. H., 2Mokhtar, E. M., 3El-Kholy, I. M., 4El Essawy, A. K., 1El-Din, A. A., et 1Shetaia, Y. M.
1Département de microbiologie, Faculté des sciences, Université Ain Shams, Le Caire, Égypte
2Département de microbiologie, Hôpital Abou Al-Azayem, Le Caire, Égypte
3Département de pathologie clinique, Hôpital spécialisé de l’Université Ain Shams, Université Ain Shams,
Le Caire, Égypte
4Département de microbiologie, Université de Ain Shams, Spécialisé Hôpital, Université Ain Shams,
Le Caire, Égypte
*Correspondance à: sara_saifelnasr@hotmail.com; 00971563993304

Abstrait:

Contexte: Les maladies fongiques invasives (IFD) sont des infections opportunistes associées à une mortalité significative chez les patients pédiatriques, en particulier ceux dont le système immunitaire est compromis et les nouveau-nés de très faible poids à la naissance (VLBW). Les objectifs de cette étude sont de déterminer la prévalence, les caractéristiques cliniques et les isolements fongiques de la sepsie néonatale dans trois hôpitaux en Égypte.
Méthodologie: L’étude est une enquête transversale menée auprès de 176 nouveau-nés présentant une septicémie clinique et admis dans les unités de soins intensifs néonatals des trois hôpitaux sur une période d’un an (de février 2015 à janvier 2016). Un minimum de deux échantillons de sang (recueillis dans les 24 heures) de chaque nouveau-né ont été cultivés pour la bactérie dans des flacons de culture automatisés BacT/AlerT et conventionnels, tandis que le bouillon Saboraud-Brain Heart Infusion a été inoculé pour la culture de champignons. Les croissances positives du bouillon ont été sous-cultivées sur des plaques de gélose Sabouraud Dextrose Agar (SDA) pour une incubation aérobie à 25°C et à 37°C pendant 2 semaines. L’identification des colonies de champignons sur la SDA a été réalisée par la morphologie conventionnelle et confirmée sur un milieu chromogène en gélose. L’analyse phylogénétique d’isolats de champignons représentatifs a été réalisée par séquençage partiel de nucléotides du domaine D1-D2 du gène de l’ARNr de grande sous-unité.
Résultats: Sur les 176 nouveau-nés, la culture de sang était positive pour les agents pathogènes dans 55 échantillons (31,3%) et les champignons ont été isolés dans 26 (14,8%); levure (25) et moisissure (1). Les levures communément isolées étaient Candida albicans, Candida tropicalis et Candida krusei, représentant respectivement 34,6%, 30,8% et 23,1% du total des champignons isolés. L’analyse phylogénétique comparée aux données de Genbank a montré des clades définis pour Candida tropicalis, Candida parapsilosis, Candida albicans et Pichia kudriavzevii
Conclusion: La présente étude met en évidence l’évolution du schéma des infections néonatales causées par Candida en Égypte, avec une incidence croissante des infections causées par des espèces de Candida non albicans.

Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. Fungal neonatal and infantile sepsis 2020; 21 (1): 14 – 20

Mots-clés: infection fongique, néonatale, facteurs de risque, PCR, levure

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Fungal neonatal and infantile sepsis in Egypt: risk factors and identification of fungal isolates

Coagulase negative staphylococci in Anti-Cancer Center, Batna, Algeria: antibiotic resistance pattern, biofilm formation, and detection of mecA and icaAD genes

1*Zatout, A., 2Djibaoui, R., 2Kassah-Laouar, A., and 3Benbrahim, C.
1Laboratory of Microbiology and Plant Biology, Department of Biological Sciences, Faculty of Natural Sciences and Life, University of Abdlhamid Ibn Badis, Mostaganem, Algeria
2Central Laboratory of Biology, Anticancer Center of Batna, Algeria
3Laboratory of Microbiology Applied to the Agroalimentary Biomedical and the Environment, Department of Biology, Faculty of Natural Sciences and Life, University Abou BekrBelkaid, Tlemcen, Algeria
*Correspondence to: asma.zatout@univ-mosta.dz

Abstract:
Background: Coagulase-negative staphylococci (CoNS) are normal microbial flora found on the skin and mucous membranes of mammals. Considered for a long time as avirulent commensals, these bacteria are now recognized as opportunistic pathogens by virtue of their high resistance to multiple antibiotics and capacity for biofilm formations, which made them important agents of nosocomial and community-acquired infections. The objectives of this study are to determine the antibiotic resistance pattern and biofilm formation, and to detect mecA and icaAD genes in clinical CoNS isolates from Batna’s Anti-Cancer Center (ACC) in Algeria. Methods: A total of 66 CoNS were isolated from different samples and identified by API Staph system. In vitro antibiotic susceptibility testing (AST) of each isolate to selected antibiotics was determined by the disk diffusion method, and minimum inhibitory concentrations (MICs) of oxacillin and vancomycin were determined by E-test. Biofilm formation was assessed by Tissue Culture Plate (TCP) and Congo Red Agar (CRA) methods. The polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify mecA gene in 9 oxacillin-resistant and 1 oxacillin-sensitive CoNS, and icaAD gene in 9 biofilm forming and 1 non-biofilm forming CoNS. Sequencing of the 16S rDNA of 1 mecA and 1 icaAD positive isolates was performed by the Sanger method. Results: Nine species of CoNS were identified, with Staphylococcus epidermidis (n=29, 44%) and Staphylococcus haemolyticus (n=15, 22.7%) constituting the largest proportion, and isolated mainly from the onco-haematology service unit of the center. The isolates were resistant to penicillin G (98.5%), cefoxitin (80.3%) and oxacillin (72.2%). The TCP method was more sensitive (89.4%) than CRA method (31.8%) in detecting biofilm formation. The mecA gene was detected in 66.7% (6/9) of oxacillin resistant CoNS and the icaAD gene in 55.6% (5/9) of TCP positive CoNS isolates Conclusion: Invitro resistance to methicillin (oxacillin) and biofilm formation were high among the CoNS isolates in this study, but the association of these with respective carriage of mecA and icaAD genes was low.

Keywords: Coagulase negative staphylococci, identification, antibiotic resistance, biofilm, PCR

Received April 26, 2019; Revised October 2, 2019; Accepted October 5, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Staphylocoques à coagulase négative au Centre Anti-Cancer du Batna, Algérie: résistance aux antibiotiques, formation de biofilms et détection des gènes mecA et icaAD

1*Zatout, A., 2Djibaoui, R., 2Kassah-Laouar, A., et 3Benbrahim, C.
1Laboratoire de Microbiologie et Biologie Végétale, Département des Sciences Biologiques, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Abdlhamid Ibn Badis, Mostaganem, Algérie
2Laboratoire Central de Biologie, Centre Anti-Cancer (ACC), Batna, Algérie
3laboratoire de Microbiologie Appliquée à l’Agroalimentaire au Biomédical et à l’Environnement, Département de Biologie, Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie, Université Abou Bekr Belkaid, Tlemcen, Algérie
Correspondance à: asma.zatout@univ-mosta.dz
Coagulase negative staphylococci in Algeria Afr J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 21-29

Abstrait :

Contexte: Les staphylocoques à coagulase négative (CoNS) sont une flore microbienne normale présente sur la peau et les muqueuses humaines des mammifères. Considérés depuis longtemps comme des commensales avirulentes, ces bactéries sont reconnues comme agents pathogènes opportunistes grâce à leurs multiples propriétés coexistantes de résistance aux antibiotiques et de formation de biofilms qui constituent des agents importants d’infections nosocomiales et communautaires. l’objectif de cette étude est de déterminer la résistance aux antibiotiques, la formation de biofilms et pour rechercher des gènes mecA et icaAD dans les isolats cliniques de staphylocoques à coagulase négative du Centre Anti-Cancer (AAC) de Batna en Algérie. Méthodes: au total de 66 des SCN ont été isolés de différents prélèvements et identifiés par galerie API Staph. Le test de sensibilité aux antibiotiques In vitro de chaque isolat par rapport aux antibiotiques sélectionnés a été déterminé par la méthode de diffusion sur disque, et les concentrations minimales inhibitrices (MICs) de l’oxacilline et de la vancomycine ont été déterminées par E-test. La formation de biofilm a été évaluée par la méthode de culture de tissu en plaque (TCP) et la méthode de Rouge Congo Agar (CRA). La réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été utilisée pour amplifier l’ADN du gène mecA dont 9 des SCN résistants à l’oxacilline et 1 sensible à l’oxacilline et le gène icaAD dont 9 des SCN formant biofilm et 1 non-formant biofilm. Le séquençage de l’ADNr 16S des isolats positifs, 1 mecA et 1 icaAD ont été réalisés par la méthode de Sanger. Résultats: Neuf espèces des SCN ont été identifiées avec Staphylococcus epidermidis (n=29, 44%) et Staphylococcus haemolyticus (n=15, 22,7%) constituant la plus grande proportion, et isolées principalement de l’unité de service d’onco-hématologie du centre. Les isolats étaient résistants à la pénicilline G (98,5%), à la céfoxitine (80,3%) et à l’oxacilline (72,2%). La méthode TCP était plus sensible (89,4%) que la méthode CRA (31,8%) dans la détection de la formation de biofilm. Le gène mecA a été détecté dans 66,7% (6/9) des SCN résistants à l’oxacilline et le gène icaAD dans 55,6% (5/9) des isolats positifs des SCN pour CRA. Conclusion: La résistance à la méthicilline (oxacilline) in vitro et la formation de biofilms étaient élevées chez les isolats des SCN de cette étude, mais leur corrélation avec le portage respectif des gènes mecA et icaAD était faible.

Mots-clés: Staphylocoque à coagulase négative, identification, résistance aux antibiotiques, biofilm, PCR

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Coagulase negative staphylococci in Anti-Cancer Center, Batna, Algeria: antibiotic resistance pattern, biofilm formation, and detection of mecA and icaAD genes