Phénotypique – afrjcem.org

¹*Abouelnour, A., ²Zaki, M. E.,³Hassan R., and⁴Elkannishy, S. M. H.
^1,2Department of Clinical Pathology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
³Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
⁴Department of Toxicology, Mansoura Hospital, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
⁴Department of Pharmacology and Toxicology, Faculty of Pharmacy, University of Tabuk, Tabuk, 71491, Saudi Arabia
Correspondence to: aalaa_abo@yahoo.com

Abstract:

Background: Clindamycin has been a good alternative drug to penicillins in the treatment of infections caused by Staphylococcus aureus but resistance to this agent has led to therapeutic failure. Inducible clindamycin resistance in staphylococci carrying erm genes may not be detectable by routine disk diffusion test. The objective of this study is to phenotypically detect clindamycin resistance in clinical S. aureus isolates and determine the prevalence of ermA, ermB and ermC carriage among these isolates.
Methodology: A total of 230 non-duplicate S. aureus were isolated from children admitted to Mansoura University Children Hospital during the period January 2016 and June 2017 by conventional microbiology method. Invitro antibiotic susceptibility to selected antibiotics including erythromycin was performed by the disk diffusion technique. The „D-zone‟ test was used to phenotypically detect inducible clindamycin resistance. The presence of ermA, ermB and ermC genes was confirmed by multiplex polymerase chain reaction (m-PCR) assay. Results: One hundred and seven (46.6%) isolates were phenotypically resistant to erythromycin while 109 (47.3%) were methicillin (cefoxitin) resistant S. aureus (MRSA). The macrolide-lincosamin-streptograminB (MLSB) phenotypes among the erythromycin resistant isolates were 47 (44%) inducible MLSB and 46 (43%) constitutive MLSB, while 14 (13.0%) were MS phenotype. Although, the MLSB phenotype was more predominant in MRSA (n=60, 56.1%) than MSSA (n=33, 30.7%) while the MS phenotype was more predominant in MSSA (n=9, 8.4%) than MRSA (n=5, 4.6%) isolates, the difference was not statistically significant (p=0.0777). The ermA (29.0%, n=31) and ermC (18.7%, n=20) were the most prevalent genes carried by the isolates while ermB was carried by a few (4.7%, n=5). Forty six (43%) isolates did not carry any detectable erm gene.
Conclusion: In this study, both inducible and constitutive clindamycin resistance phenotypes were common among S. aureus isolates. Although the genetic basis for this may be attributed to carriage of ermA, ermB and ermC genes, a number of the resistant isolates did not carry any of these genes.

Keywords: phenotypic, genotypic, macrolide-lincosamide-streptogramin B, S. aureus, children
Received July 20, 2019; Revised September 22, 2019; Accepted September 28, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Identification phénotypique et génotypique de Staphylococcus aureus résistant à la clindamycine à l’Hôpital Universitaire Mansoura, Egypte

¹*Abouelnour, A., ²Zaki, M. E., ³Hassan R., et ⁴Elkannishy, S. M. H.
^1,2Département de pathologie clinique, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
³Département de microbiologie médicale, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte 4ème département de toxicologie, hôpital Mansoura, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
⁴Département 3D de pharmacologie et de toxicologie, faculté de pharmacie, université de Tabuk, Tabuk, 71491, Arabie saoudite
Correspondance à: aalaa_abo@yahoo.com

Abstrait:

Contexte: La clindamycine était un bon médicament alternatif aux pénicillines dans le traitement des infections causées par Staphylococcus aureus, mais la résistance à cet agent a entraîné un échec thérapeutique. La résistance inductible à la clindamycine chez les staphylocoques porteurs du gène erm peut ne pas être détectable par le test de diffusion systématique sur disque. L’objectif de cette étude est de détecter phénotypiquement la résistance à la clindamycine dans les isolats cliniques de S. aureus et de déterminer la prévalence du portage d’ermA, d’ermB et d’ermC parmi ces isolats. sélection d‟antibiotiques, notamment à l‟érythromycine, a été réalisée par la technique de diffusion sur disque. Le test de la «zone D» a été utilisé pour détecter phénotypiquement la résistance inductible à la clindamycine. La présence des gènes ermA, ermB et ermC a été confirmée par un test de réaction en chaîne de la polymérase multiplexe (m-PCR).
Résultats: Cent sept isolats (46,6%) étaient phénotypiquement résistants à l’érythromycine, tandis que 109 (47,3%) étaient résistants à la méthicilline (céfoxitine) S. aureus (MRSA). Les phénotypes macrolide-lincosamin-streptogramine B (MLSB) parmi les isolats résistants à l’érythromycine étaient 47 (44%) MLSB inductibles et 46 (43%) MLSB constitutifs, alors que 14 (13,0%) étaient des phénotypes MS. Bien que le phénotype MLSB soit plus prédominant dans le SARM (n=60, 56,1%) que le MSSA (n=33, 30,7%), le phénotype MS était plus prédominant dans le MSSA (n=9, 8,4%) que le SARM (n=5, 4,6%), la différence n’était pas statistiquement significative (p=0,0777). ErmA (29,0%, n=31) et ermC (18,7%, n=20) étaient les gènes les plus prévalents portés par les isolats, tandis que ermB était porté par quelques-uns (4,7%, n=5). Quarante-six (43%) isolats ne portaient aucun erm gène détectable.
Conclusion: Dans cette étude, les phénotypes de résistance à la clindamycine tant inductibles que constitutifs étaient courants parmi les isolats de S. aureus. Bien que la base génétique de ceci puisse être attribuée au portage des gènes ermA, ermB et ermC, un certain nombre des isolats résistants ne portaient aucun de ces gènes.

Clindamycin resistant S. aureus in Egypt Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 30 – 35

Mots-clés: phénotypique, génotypique, macrolide-lincosamide-streptogramine B, S. aureus, enfants

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Phenotypic and genotypic identification of Staphylococcus aureus resistant to clindamycin in Mansoura University Children Hospital, Egypt

1,2Ahmadu, I., 1Olonitola, O. S., 1Suleiman, A. B., 3Lawan, M. K., and 4Makolo, D. 1Department of Microbiology, Faculty of Life Sciences, Ahmadu Bello University, Zaria, Nigeria 2National Tuberculosis Reference Laboratory, Zaria, Nigeria 3Department of Veterinary Public Health and Preventive Medicine, Faculty of Veterinary Medicine, Ahmadu Bello University, Zaria, Nigeria 4Department of Sciences, School of Preliminary Studies, Kogi State Polytechnic, Lokoja, Nigeria

Correspondence to: isiyakuadabka@yahoo.com Abstract: Background: Tuberculosis (TB) remains one of the leading public health challenges in Nigeria and the burden is still high. There is hence a need for continuous characterization of mycobacteria to obtain current data that will aid the ongoing TB prevention and control programme. The aim of this study was to phenotypically characterize mycobacteria isolates recovered from clinical specimens of patients with tuberculosis in Kaduna State, Nigeria.

Methods: Two thousand, two hundred and twelve (2212) sputum samples were collected from patients clinically suspected to have TB in three different zones of Kaduna State, Nigeria, between May 2017 and October, 2018. Samples were processed by decontaminating with NaOH-Citrate N-acetyl-L-Cystein method for Ziehl Neelsen (ZN) AFB microscopy and culture on Lowenstein Jensen (LJ) slants which were incubated at 37ᵒC for 8 weeks. Positive LJ cultures were further analyzed with a rapid TB antigen assay (SD-Bioline) to differentiate Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) from Non Tuberculous Mycobacteria (NTM). Results: Out of the 2212 patients with suspected TB, 300 (13.6%) were positive for AFB by microscopy with Zone A (Kaduna North) having the highest AFB positive cases of 169 (15.2%). Of the 300 AFB positive samples, 272 (91.0%) were culture positive on LJ medium, 18 (6.0%) were culture negative and 10 (3.0%) were culture contaminated. Result of the distribution of mycobacteria among infected patients within the study area revealed that 219 (80.5%) were infected with MTBC, 42 (15.4%) with NTM and 11 (4.0%) with both MTBC and NTM. Conclusion: A relatively high number of TB in the study area was caused by NTM. There is need for advanced diagnostic tools that can differentiate MTBC and NTM strains among TB patients in all TB Reference Laboratories in Nigeria.

Keywords: Phenotypic, Characterization, Tuberculosis, Mycobacteria

Received May 25, 2019; Revised July 24, 2019; Accepted July 26, 2019
Copyright 2019 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Caractérisation phénotypique d’isolats de mycobactéries provenant de patients atteints de tuberculose dans l’État de Kaduna, au Nigéria

1,2Ahmadu, I., 1Olonitola, O. S., 1Suleiman, A. B., 3Lawan, M. K., et 4Makolo, D.
1Département de microbiologie, Faculté des sciences de la vie, Université Ahmadu Bello, Zaria, Nigeria 2Laboratoire national de référence sur la tuberculose, Zaria, Nigéria 3Département de santé publique vétérinaire et de médecine préventive, Faculté de médecine vétérinaire, Université Ahmadu Bello, Zaria, Nigéria 4Département des sciences, École d’études préliminaires, École polytechnique d’État de Kogi, Lokoja, Nigéria Correspondance à: isiyakuadabka@yahoo.com

Abstrait:

Contexte: La tuberculose reste l’un des principaux problèmes de santé publique au Nigéria et le fardeau est encore lourd. Il est donc nécessaire de caractériser en permanence les mycobactéries pour obtenir les données actuelles qui aideront le programme de prévention et de contrôle de la tuberculose en cours. Le but de cette étude était de caractériser phénotypiquement les isolats de mycobactéries récupérés à partir d’échantillons cliniques de patients atteints de tuberculose dans l’État de Kaduna, au Nigéria. Méthodes: Deux mille douze cent douze (2212) échantillons d’expectorations ont été prélevés chez des patients cliniquement suspects de tuberculose dans trois zones différentes de l’État de Kaduna, au Nigéria, entre mai 2017 et octobre 2018. Les échantillons ont été traités par décontamination au NaOH-citrate. Méthode N-acétyl-L-Cystéine pour la microscopie AFB de Ziehl Neelsen (ZN) et culture sur des pentes de Lowenstein Jensen (LJ) qui ont été incubées à 37 ° C pendant 8 semaines. Les cultures de LJ positives ont ensuite été analysées avec un dosage rapide de l’antigène de la tuberculose (SD-Bioline) afin de différencier le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC) des mycobactéries non tuberculeuses (NTM). Résultats: Sur les 2212 patients suspects de tuberculose, 300 (13,6%) étaient positifs pour AFB par microscopie, la zone A (Kaduna North) présentant le plus grand nombre de cas positifs avec 169 (15,2%). Sur les 300 échantillons AFB positifs, 272 (91,0%) étaient positifs en culture sur le milieu LJ, 18 (6,0%) étaient négatifs en culture et 10 (3,0%) étaient contaminés par la culture. Le résultat de la distribution des mycobactéries parmi les patients infectés dans la zone d’étude a révélé que 219 (80,5%) étaient infectés par le MTBC, 42 (15,4%) avec les NTM et 11 (4,0%) avec les deux types de MTBC. Conclusion: Un nombre relativement élevé de tuberculose dans la zone d’étude a été causée par les MNT. Il existe un besoin d’outils de diagnostic avancés permettant de différencier les souches de MTBC et de MNT parmi les patients atteints de tuberculose dans tous les laboratoires de référence pour la tuberculose au Nigeria.

Mots-clés: Phénotypique, Caractérisation, Tuberculose, Mycobactéries

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Phenotypic characterization of mycobacteria isolates from tuberculosis patients in Kaduna State, Nigeria