Posted on

Serological and molecular detection of hepatitis C virus among students in a tertiary educational institution in Calabar, Nigeria

*1Mbah, M., 1Nwabunike, V. O., 1Akpan, S. S., 2Tangban, E. E., and 1Bassey, E. E.

1Department of Medical Parasitology and Entomology, Faculty of Medical Laboratory Science, University of Calabar, Calabar, Nigeria

2Department of Social Works, University of Calabar, Calabar, Nigeria
*Correspondence to: mauricembah@yahoo.fr; +2347039121644; ORCID: //orcid.org/0000-0001-1985-2925X

Abstract:
Background: Hepatitis C virus (HCV) infection is a global health problem and continues to be a major disease burden in the world, associated with serious health challenges including liver cirrhosis, cancer, lymphomas and death. This study was carried out to determine the prevalence of HCV infection among students of the University of Calabar. Continue reading “Serological and molecular detection of hepatitis C virus among students in a tertiary educational institution in Calabar, Nigeria”

Posted on

Comparative evaluation of automated KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher Scientific) and manual QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) extraction methods for SARS-CoV-2

*[1]Zouré, A. A., 1Compaoré, T. R., 2Beré, J. A., 1Sagna, T., 1Soubeiga, S. T., 1Dabiré, C., 1Nikiema, A. R., 3Barro, N., and 1Ouedraogo, H. G.

1Department of Biomedical and Public Health, Institute of Health Sciences Research (IRSS/CNRST), 03 BP 7047 Ouagadougou 03, Burkina Faso

2Unité de Formation et de Recherche en Science et Technique (UFR/ST), Université Catholique de l’Afrique de l’Ouest Unité Universitaire à Bobo Dioulasso (UCAO/UUB)

3Laboratoire de Biologie Moléculaire, d’Epidémiologie et de Surveillance des Agents, Transmissibles par les

Aliments (LaBESTA), Centre de Recherche en Sciences Biologiques Alimentaires et Nutritionnelles (CRSBAN),

Université Joseph KI-ZERBO, Ouagadougou, Burkina Faso

*Correspondence to: abdouazaque@gmail.com; +22625363215; ORCiD: //orcid.org/0000–0002–9423–024X

 

Abstract:

 Background: The extraction step of the viral material of the severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) influences the quality of reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) results in diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). The purpose of this cross-sectional study was to evaluate the diagnostic performance of the automated extraction system “KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher)” compared to the manual method with the “QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen)”.

Methodology: From October to December 2020, comparative diagnostic evaluation of two methods of SARSCoV-2 RNA extraction methods was conducted on 159 fresh and 120 frozen nasopharyngeal and oropharyngeal specimens collected from travellers and suspected cases or contacts of COVID-19 patients in Burkina Faso. The FastPlexTM Triplex 1-Step COVID 19 Detection Kit (RT-PCR, RNA extraction free) (Precigenome LLC) was used to amplify on the same PCR plate, RNA extracts from manual QIAamp Viral RNA Mini Kit and automated KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher) using the QuantStudio5 thermal cycler (Applied Biosystems). Analysis of the diagnostic performance of the SARS-CoV-2 RT-PCR assay following RNA extraction by the two methods was done using an online OpenEpi software. Continue reading “Comparative evaluation of automated KingFisher Flex Purification System 96 (ThermoFisher Scientific) and manual QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen) extraction methods for SARS-CoV-2”

Posted on

Prevalence of COVID-19 at the Wahgnion-Gold mining site in Burkina Faso and use of RT-PCR initial cycle threshold to monitor the dynamics of SARS-CoV-2 load

+1Cissé, A., +*1,2Lingani, M., 1Tao, M., 1Nana, S., 1Kaboré, B., 3Eric D. A. S., 4Nassouri, A., 1Diagbouga, S., 5Bamba, S., and 1Tarnagda, Z.

1National Influenza Reference Laboratory, Unité des Maladies à Potentiel Epidémique, Maladies Émergentes et

Zoonoses, Institut de Recherche en Sciences de la Santé, Burkina Faso

2Unité de Recherche Clinique de Nanoro, Institut de Recherche en Sciences de la Santé, Nanoro, Burkina Faso

3Teranga Gold Corporation, Ouagadougou, Burkina Faso

4Wahgnion Gold Operation, Ouagadougou, Burkina Faso

5Institut Supérieur des Sciences de la Santé, Université Nazi BONI, Bobo-Dioulasso, Burkina Faso

*Correspondence to: lingani10@yahoo.fr; +joint first authors

 

Abstract:

 Background: To control the spread of coronavirus disease-19 (COVID-19) caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2), it is necessary to adequately identify and isolate infectious patients particularly at the work place. Real time polymerase chain reaction (RT-PCR) assay is the recommended confirmatory method for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. The aim of this study was to determine the prevalence of SARSCoV-2 infection in Burkina Faso and to use the initial cycle threshold (Ct) values of RT-PCR as a tool to monitor the dynamics of the viral load.

Methodology: Between September 2021 and February 2022, oropharyngeal and/or nasopharyngeal swab samples of consecutively selected COVID-19 symptomatic and apparently healthy workers from the Wahgnion mining site in the South-western Burkina Faso who consented to the study were collected according to the two weeks shift program and tested for SARS-CoV-2 using RT-PCR assay. Patients positive for the virus were followed-up weekly until tests were negative. Association of the initial RT-PCR Ct values with disease duration was assessed by adjusted linear regression approach. Two-sided p value < 0.05 was considered statistically significant. Continue reading “Prevalence of COVID-19 at the Wahgnion-Gold mining site in Burkina Faso and use of RT-PCR initial cycle threshold to monitor the dynamics of SARS-CoV-2 load”

Posted on

Association of cytomegalo virus with type I diabetes mellitus among children in Minia Governorate

BaA Alia, WKM Mahdi

 

Abstract

Background: Type I diabetes (T1D) is the most common form of diabetes in most parts of the world.

Aim: The association between cytomegalovirus (CMV)and T1D mellitus was studied, with comparison to healthy subjects and to correlate its level with different clinical and laboratory parameters.
Materials & Methods: This study included 68 children and adolescents who were classified into two groups. GroupI comprised 53 patients diagnosed with T1D and having regular follow up in the pediatric endocrinology out-patient clinic, Minia University children’s hospital. Group II comprised 15 apparently healthy subjects, age and sex matched to the diseased group. According to the onset of diabetes, we divided the diabetic group into two sub-groups. Group Ia (newly diagnosed) comprised 20 patients, with ages ranging between 7 and 18 years; 10 were males (50 %), and 10 were females (50 %). Whilst group Ib (duration of disease >1 year) comprised 33 patients, with ages ranging between 6 and 17 years; 17 were males (49%) and 18 were females (51%). The studied groups were subjected to the following: thorough history taking, clinical examination and laboratory investigations (random blood glucose levels) and HbA1c%. DNA was extracted using QIAamp Min elute kit protocol for detection of cytomegalo virus by RTRCR.
Results:The frequency of cytomegalovirus was significantly higher in T1D children than the control and in group Ia than group Ib.
Conclusion: T1D children had significantly higher serum cytomegalovirus than the control group, as did those newly diagnosed compared to those with longer duration of illness.

Keywords:T1D, Cytomegalo-virus, Haemoglobin A1C, Polymerase chain reaction Key Messages: Dose of insulin, significant +ve correlations, RT-PCR

 

ASSOCIATION DU CYTOMEGALOVIRUS AVEC DIABETE SUCRE DE TYPE 1 CHEZ LES ENFANTS DANS LE GOUVERNORAT DE MINIA.

 

Contexte : Diabète de type 1(DT1) est la forme la plus courante du diabète dans la plupart des régions du monde.
But : L’association entre le cytomégalovirus et DT1 sucre a été étudiée avec une comparaison aux sujets sains et pour corréler son niveau avec les divers paramètres cliniques et laboratoires.
Matériaux et Méthodes : Cette étude a inclus 68 enfants et adolescents qui ont été classés en deux groupes. Le Groupe I a compris 53 patients diagnostiqués avec DT1 et ayant suivi régulier dans la clinique endocrinologie pédiatrique ambulatoire, l’Université hôpital d’enfants de Minia. Le Groupe II a compris 15 sujets apparemment sains, l’age et le sexe adapté au groupe malade. Selon l’attaque du diabète, nous avons divisé le groupe diabétique en deux sous – groupes. Le Groupe Ia (nouvellement diagnostiqué), a compris 20 patients, dont l’âge est compris entre 7 et 18 ans ; 10 étaient males (50%), et 10 étaient femelles (50%). Alors que le Groupe Ib (la durée de malade >1 ans) comprenait 33 patients ; 17 étaient males (49%), et 18 étaient femelles (51%). Les groupes étudiés ont été soumis a la suivante : grâce a la
prise de l’histoire, examen clinique et examen de laboratoire (nouveau de glycémie aléatoire) et HbA1c%. L’ADN a été extrait en utilisant QIAamp Min elute protocole du kit pour le dépistage du cytomégalovirus par RT – RCR.
Résultats : La fréquence du cytomégalovirus était considérablement plus élevée dans les enfants DT1 que le contrôlé et dans le Groupe Ia que le Groupe Ib.
Conclusion : Les enfants DT1 ont eu sérum cytomégalovirus plus élevé que le groupe contrôlé, comme ceux nouvellement diagnostiqués par rapport a ceux qui ont une plus longue durée de la malade.

Mots Clés : DT1, Cytomégalovirus, Hémoglobine A1C, la réaction en chaine de la Polymérase.
Messages Clés : Dose d’insuline, Significative +ve corrélations, RT – PCR.

Download full journal in PDF below

Association of cytomegalo virus with type I diabetes mellitus among children in Minia Governorate

Posted on

Association of cytomegalo virus with type I diabetes mellitus among children in Minia Governorate

BaA Alia, WKM Mahdi

 

Abstract

Background: Type I diabetes (T1D) is the most common form of diabetes in most parts of the world.

Aim: The association between cytomegalovirus (CMV)and T1D mellitus was studied, with comparison to healthy subjects and to correlate its level with different clinical and laboratory parameters.
Materials & Methods: This study included 68 children and adolescents who were classified into two groups. GroupI comprised 53 patients diagnosed with T1D and having regular follow up in the pediatric endocrinology out-patient clinic, Minia University children’s hospital. Group II comprised 15 apparently healthy subjects, age and sex matched to the diseased group. According to the onset of diabetes, we divided the diabetic group into two sub-groups. Group Ia (newly diagnosed) comprised 20 patients, with ages ranging between 7 and 18 years; 10 were males (50 %), and 10 were females (50 %). Whilst group Ib (duration of disease >1 year) comprised 33 patients, with ages ranging between 6 and 17 years; 17 were males (49%) and 18 were females (51%). The studied groups were subjected to the following: thorough history taking, clinical examination and laboratory investigations (random blood glucose levels) and HbA1c%. DNA was extracted using QIAamp Min elute kit protocol for detection of cytomegalo virus by RTRCR.
Results:The frequency of cytomegalovirus was significantly higher in T1D children than the control and in group Ia than group Ib.
Conclusion: T1D children had significantly higher serum cytomegalovirus than the control group, as did those newly diagnosed compared to those with longer duration of illness.

Keywords:T1D, Cytomegalo-virus, Haemoglobin A1C, Polymerase chain reaction Key Messages: Dose of insulin, significant +ve correlations, RT-PCR

 

ASSOCIATION DU CYTOMEGALOVIRUS AVEC DIABETE SUCRE DE TYPE 1 CHEZ LES ENFANTS DANS LE GOUVERNORAT DE MINIA.

 

Contexte : Diabète de type 1(DT1) est la forme la plus courante du diabète dans la plupart des régions du monde.
But : L’association entre le cytomégalovirus et DT1 sucre a été étudiée avec une comparaison aux sujets sains et pour corréler son niveau avec les divers paramètres cliniques et laboratoires.
Matériaux et Méthodes : Cette étude a inclus 68 enfants et adolescents qui ont été classés en deux groupes. Le Groupe I a compris 53 patients diagnostiqués avec DT1 et ayant suivi régulier dans la clinique endocrinologie pédiatrique ambulatoire, l’Université hôpital d’enfants de Minia. Le Groupe II a compris 15 sujets apparemment sains, l’age et le sexe adapté au groupe malade. Selon l’attaque du diabète, nous avons divisé le groupe diabétique en deux sous – groupes. Le Groupe Ia (nouvellement diagnostiqué), a compris 20 patients, dont l’âge est compris entre 7 et 18 ans ; 10 étaient males (50%), et 10 étaient femelles (50%). Alors que le Groupe Ib (la durée de malade >1 ans) comprenait 33 patients ; 17 étaient males (49%), et 18 étaient femelles (51%). Les groupes étudiés ont été soumis a la suivante : grâce a la
prise de l’histoire, examen clinique et examen de laboratoire (nouveau de glycémie aléatoire) et HbA1c%. L’ADN a été extrait en utilisant QIAamp Min elute protocole du kit pour le dépistage du cytomégalovirus par RT – RCR.
Résultats : La fréquence du cytomégalovirus était considérablement plus élevée dans les enfants DT1 que le contrôlé et dans le Groupe Ia que le Groupe Ib.
Conclusion : Les enfants DT1 ont eu sérum cytomégalovirus plus élevé que le groupe contrôlé, comme ceux nouvellement diagnostiqués par rapport a ceux qui ont une plus longue durée de la malade.

Mots Clés : DT1, Cytomégalovirus, Hémoglobine A1C, la réaction en chaine de la Polymérase.
Messages Clés : Dose d’insuline, Significative +ve corrélations, RT – PCR.

Download full journal in PDF below

Association of cytomegalo virus with type I diabetes mellitus among children in Minia Governorate

Posted on

Polymerase Chain Reaction (PCR) provides a superior tool for the diagnosis of Pneumococcal Infection in Burkina Faso

Y Chaibou, M Congo/Ouedraogo, I Sanou, H Somlare, K Ouattara, CM Kienou, H Belem, E Sampo, SA Traore, R Traore/Ouedraogo, C Hatcher, L Mayer, X Wang, L Sangare

 

Abstract

Purpose of study: The aim of this study was to determine the value of real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) in the routine surveillance of pneumococcal meningitis in Burkina Faso, compared to standard methods of culture, Gram stain and latex agglutination assay.
Materiel and methods: A total of 385 specimens of cerebrospinal fluid were analyzed by the three standard bacteriological methods (Gram stain, latex agglutination assay, and culture) and real-time Polymerase Chain Reaction.
Results: Of 385 specimens analyzed by these methods, 204 S. pneumoniae were detected by one or more  methods. Gram stain detected 36.4% (140/385) Gram positive encapsulated diplococci; 37.7% (145/385) and 20.8% (80/385) of the specimens were positive for pneumococci by latex agglutination assay and culture. These specimens were tested with rt-PCR, which confirmed 51.2% (197/385) S. pneumoniae positive. The sensitivity and specificity of culture were 54.4% and 31.5%, respectively, and the sensitivity and specificity of rt-PCR were 96.6% and 100%, respectively. These results showed that rt-PCR was more sensitive than Gram stain (p=0.0235), latex agglutination assay (p=0.0442)and culture (p=0.0006).The culture is the gold standard method; however, the result showed that rt-PCR had specificity and was as specific as Gram stain (p=0.3405) and latex agglutination assay (p=0.7745).
Conclusion: rt-PCR was highly sensitive and specific. It could be used as a complementary diagnostic tool to  mprove case confirmation of bacterial meningitis. However,its high cost, the qualification of the technical staff and infrastructures required for its implementation, constitute obstacles to its widened use in countries with limited resources.

Keywords: Streptococcus pneumoniae, meningitis, rt-PCR, standard bacteriological methods

 

Objectif: Le but de cette étude était de déterminer la place de la rt-PCR dans la surveillance de routine de
méningitespneumococciquesau Burkina Faso et la comparée avec les méthodes de la bactériologie classique: Culture, coloration de Gram et l’agglutination au latex.
Matériel etméthodes: Au total, 385 échantillons deliquides céphalorachidiens (LCR)étaient analysés par les trois méthodes de la bactériologie classique (coloration de Gram, agglutination au latex, culture) et la PCR en temps réel.

RESULTATS: Parmi 385 échantillons analysés, 204 cas de Streptococcuspneumoniae étaient détectés par une ou plusieurs méthodes. La coloration de Gram adétecté 36,4% (140/385) diplocoques encapsulés à Gram positif (DGP); 37,7% (145/385) et 20,8% (80/385) d’échantillons étaient positifs aux pneumocoques par l’agglutination au latex et la culture. Ces échantillons étaient aussi testés par rt-PCR qui a confirmé 51,2% (197/385) cas positifs de S. pneumoniae. La sensibilité et la spécificité de la culture étaient respectivement de 54,4% et 31,5%, et la sensibilité et la spécificité de rt-PCR étaient respectivement de 96,6% et 100%. Ces résultats ont montré que la rt-PCR était plus sensible que la coloration de Gram (p=0,0235), l’agglutination au latex (p=0,0442) et la  culture(p=0,0006).La culture est une méthode de référence; cependant, le résultat a montré que rt-PCR était plus sensibleet aussi spécifique que la coloration de Gram ((p=0,3405)et l’agglutination au latex (p=0,7745).
Conclusion : :rt-PCR était plus sensible et plus spécifique. Elle pourrait être utilisée comme un outil de diagnostic
complémentaire pour améliorer les cas de confirmation de méningites bactériennes. Cependant, ces coûts de réalisation, la qualification de techniciens et les matériels pour son application constituent des obstacles pour sa vulgarisation dans les pays à ressources limités.

Keywords: Streptococcus pneumoniae, méningites, rt-PCR, méthodes de la bactériologie classique

Article in English.

Download full journal in PDF below

Polymerase Chain Reaction (PCR) provides a superior tool for the diagnosis of Pneumococcal Infection in Burkina Faso