Phenotypic and genotypic identification of Staphylococcus aureus resistant to clindamycin in Mansoura University Children Hospital, Egypt

1*Abouelnour, A., 2Zaki, M. E., 3Hassan R., and 4Elkannishy, S. M. H.
1,2Department of Clinical Pathology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
3Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
4Department of Toxicology, Mansoura Hospital, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
4Department of Pharmacology and Toxicology, Faculty of Pharmacy, University of Tabuk, Tabuk, 71491, Saudi Arabia
Correspondence to: aalaa_abo@yahoo.com

Abstract:

Background: Clindamycin has been a good alternative drug to penicillins in the treatment of infections caused by Staphylococcus aureus but resistance to this agent has led to therapeutic failure. Inducible clindamycin resistance in staphylococci carrying erm genes may not be detectable by routine disk diffusion test. The objective of this study is to phenotypically detect clindamycin resistance in clinical S. aureus isolates and determine the prevalence of ermA, ermB and ermC carriage among these isolates.
Methodology: A total of 230 non-duplicate S. aureus were isolated from children admitted to Mansoura University Children Hospital during the period January 2016 and June 2017 by conventional microbiology method. Invitro antibiotic susceptibility to selected antibiotics including erythromycin was performed by the disk diffusion technique. The „D-zone‟ test was used to phenotypically detect inducible clindamycin resistance. The presence of ermA, ermB and ermC genes was confirmed by multiplex polymerase chain reaction (m-PCR) assay. Results: One hundred and seven (46.6%) isolates were phenotypically resistant to erythromycin while 109 (47.3%) were methicillin (cefoxitin) resistant S. aureus (MRSA). The macrolide-lincosamin-streptograminB (MLSB) phenotypes among the erythromycin resistant isolates were 47 (44%) inducible MLSB and 46 (43%) constitutive MLSB, while 14 (13.0%) were MS phenotype. Although, the MLSB phenotype was more predominant in MRSA (n=60, 56.1%) than MSSA (n=33, 30.7%) while the MS phenotype was more predominant in MSSA (n=9, 8.4%) than MRSA (n=5, 4.6%) isolates, the difference was not statistically significant (p=0.0777). The ermA (29.0%, n=31) and ermC (18.7%, n=20) were the most prevalent genes carried by the isolates while ermB was carried by a few (4.7%, n=5). Forty six (43%) isolates did not carry any detectable erm gene.
Conclusion: In this study, both inducible and constitutive clindamycin resistance phenotypes were common among S. aureus isolates. Although the genetic basis for this may be attributed to carriage of ermA, ermB and ermC genes, a number of the resistant isolates did not carry any of these genes.

Keywords: phenotypic, genotypic, macrolide-lincosamide-streptogramin B, S. aureus, children
Received July 20, 2019; Revised September 22, 2019; Accepted September 28, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Identification phénotypique et génotypique de Staphylococcus aureus résistant à la clindamycine à l’Hôpital Universitaire Mansoura, Egypte

1*Abouelnour, A., 2Zaki, M. E., 3Hassan R., et 4Elkannishy, S. M. H.
1,2Département de pathologie clinique, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
3Département de microbiologie médicale, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte 4ème département de toxicologie, hôpital Mansoura, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
4Département 3D de pharmacologie et de toxicologie, faculté de pharmacie, université de Tabuk, Tabuk, 71491, Arabie saoudite
Correspondance à: aalaa_abo@yahoo.com

Abstrait:

Contexte: La clindamycine était un bon médicament alternatif aux pénicillines dans le traitement des infections causées par Staphylococcus aureus, mais la résistance à cet agent a entraîné un échec thérapeutique. La résistance inductible à la clindamycine chez les staphylocoques porteurs du gène erm peut ne pas être détectable par le test de diffusion systématique sur disque. L’objectif de cette étude est de détecter phénotypiquement la résistance à la clindamycine dans les isolats cliniques de S. aureus et de déterminer la prévalence du portage d’ermA, d’ermB et d’ermC parmi ces isolats. sélection d‟antibiotiques, notamment à l‟érythromycine, a été réalisée par la technique de diffusion sur disque. Le test de la «zone D» a été utilisé pour détecter phénotypiquement la résistance inductible à la clindamycine. La présence des gènes ermA, ermB et ermC a été confirmée par un test de réaction en chaîne de la polymérase multiplexe (m-PCR).
Résultats: Cent sept isolats (46,6%) étaient phénotypiquement résistants à l’érythromycine, tandis que 109 (47,3%) étaient résistants à la méthicilline (céfoxitine) S. aureus (MRSA). Les phénotypes macrolide-lincosamin-streptogramine B (MLSB) parmi les isolats résistants à l’érythromycine étaient 47 (44%) MLSB inductibles et 46 (43%) MLSB constitutifs, alors que 14 (13,0%) étaient des phénotypes MS. Bien que le phénotype MLSB soit plus prédominant dans le SARM (n=60, 56,1%) que le MSSA (n=33, 30,7%), le phénotype MS était plus prédominant dans le MSSA (n=9, 8,4%) que le SARM (n=5, 4,6%), la différence n’était pas statistiquement significative (p=0,0777). ErmA (29,0%, n=31) et ermC (18,7%, n=20) étaient les gènes les plus prévalents portés par les isolats, tandis que ermB était porté par quelques-uns (4,7%, n=5). Quarante-six (43%) isolats ne portaient aucun erm gène détectable.
Conclusion: Dans cette étude, les phénotypes de résistance à la clindamycine tant inductibles que constitutifs étaient courants parmi les isolats de S. aureus. Bien que la base génétique de ceci puisse être attribuée au portage des gènes ermA, ermB et ermC, un certain nombre des isolats résistants ne portaient aucun de ces gènes.

Clindamycin resistant S. aureus in Egypt Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 30 – 35

Mots-clés: phénotypique, génotypique, macrolide-lincosamide-streptogramine B, S. aureus, enfants

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Phenotypic and genotypic identification of Staphylococcus aureus resistant to clindamycin in Mansoura University Children Hospital, Egypt

Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

1*Okechukwu, A. A., and 2Thairu, Y.
1Deparment of Paediatrics, University of Abuja Teaching Hospital, Gwagwalada, Abuja, Nigeria
2Department of Microbiology, University of Abuja Teaching Hospital, Gwagwalada, Abuja, Nigeria
Correspondence to: nebokest@yahoo.com; +2348036719906

Abstract:
Background: Cytomegalovirus (CMV) co-infection with human immunodeficiency virus (HIV) is known to accelerate HIV disease progression. It has the potential of being a killer disease or a silent lifetime companion in HIV patients. There is dearth of information on CMV prevalence among HIV infected children and adolescents in our environment. We therefore conducted this study to determine its sero-prevalence, and risk factors for co-infection among HIV infected children and adolescents on highly active antiretroviral therapy (HAART) in our center.
Method: A descriptive cross sectional study of HIV-infected children and adolescents aged 2 months to 18 years on HAART was conducted over a 6 month period between October 2017 and March 2018 in our health facility. Blood samples of subjects were screened for CMV IgM using commercial test kits. Biodata of subjects, CD4 cell count, and viral load were collected into a designed proforma, and statistical analysis was done with SPSS version 22.0.
Result: A total of 161 HIV-infected children and adolescents were recruited, 103 (64.0%) were males, 83 (51.6%) were between the ages of 5 and <10 years, 113 (70.2%) were from lower socio-economic class, and 138 (85.7%) were on 1st line HAART. Of the 17 (10.6%) subjects positive for CMV IgM, 3 (17.6%) were less than 5 years old, 11 (64.7%) were between the ages of 5-10 years, and none was older than 15 years. Univariate analysis showed significant differences in the mean age, weight, length/height, and systolic blood pressure between CMV IgM positive and negative patients (p<0.05), but no significant difference in gender, socioeconomic class, types of antiretroviral drugs, CD4 cell count, and viral load (p>0.05). Multivariate analysis however did not show any significant difference in age, weight, length/height, and systolic blood pressure. Conclusion: The prevalence of active CMV infections among HIV infected children and adolescents on HAART in our centre is high. Low CD4 cell count and high viral load were not associated with active CMV disease, and no risk factor for co-infection was also identified. Identifying those with primary/active infection will be necessary for possible treatment with anti-herpes drugs before development of reactivated CMV disease.

Keywords: CMV, HIV, co-infection, anti-retroviral,  children, adolescents

Received June 27, 2019; Revised October 10, 2019; Accepted October 12, 2019

Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Co-infection par le cytomégalovirus et le VIH chez des enfants et des adolescents sous traitement antirétroviral à Abuja, au Nigéria
1*Okechukwu, A. A., et 2Thairu, Y.
1Département de pédiatrie, Hôpital universitaire de Abuja, Gwagwalada, Abuja, Nigéria 2Département de microbiologie, hôpital universitaire de Abuja, Gwagwalada, Abuja, Nigéria Correspondance à: nebokest@yahoo.com; +2348036719906

Abstrait:

Contexte: On sait que la co-infection par le cytomégalovirus (CMV) et le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) accélère la progression de la maladie. Il a le potentiel d’être une maladie mortelle ou un compagnon
silencieux à vie chez les patients VIH. Il existe peu d’informations sur la prévalence du CMV chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH dans notre environnement. Nous avons donc mené cette étude pour déterminer sa séroprévalence et les facteurs de risque de co-infection chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH sous traitement antirétroviral hautement actif (HAART) dans notre centre. Méthode: Une étude transversale descriptive des enfants et adolescents infectés par le VIH et âgés de 2 mois à 18 ans sous multithérapie a été menée sur une période de 6 mois entre octobre 2017 et mars 2018 dans notre établissement de santé. Des échantillons de sang de sujets ont été testés pour l’IgM de CMV en utilisant des kits de test commerciaux. Les données biologiques des sujets, le nombre de cellules CD4 et la charge virale ont été recueillis dans un formulaire conçu à cet effet et une analyse statistique a été réalisée avec SPSS version 22.0. Résultat: 161 enfants et adolescents infectés par le VIH ont été recrutés, dont 103 (64,0%) étaient des hommes, 83 (51,6%) étaient âgés de 5 à moins de 10 ans, 113 (70,2%) étaient issus de milieux socio-économiques inférieurs. et 138 (85,7%) suivaient la multithérapie de première ligne. Sur les 17 (10,6%) sujets positifs pour l’IgM du CMV, 3 (17,6%) avaient moins de 5 ans, 11 (64,7%) étaient âgés de 5 à 10 ans et aucun n’avait plus de 15 ans. Une analyse univariée a montré des différences significatives dans l’âge moyen, le poids, la taille / taille et la pression artérielle systolique entre les patients positifs et négatifs pour IgM anti-CMV (p<0,05), mais aucune différence significative entre le sexe, la classe socio-économique, les types de médicaments antirétroviraux et les cellules CD4 nombre et charge virale (p>0,05). L’analyse multivariée n’a cependant montré aucune différence significative d’âge, de poids, de taille / taille et de pression artérielle systolique. Conclusion: La prévalence des infections à CMV actives chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH sous HAART dans notre centre est élevée. Un faible nombre de cellules CD4 et une charge virale élevée n’étaient pas associés à la maladie à CMV active et aucun facteur de risque de co-infection n’a également été identifié. Identifier les personnes présentant une infection primaire / active sera nécessaire pour un traitement éventuel avec des médicaments anti-herpès avant le développement d’une maladie à CMV réactivée.

Mots-clés: CMV, HIV, co-infection, anti-rétroviral, Enfants, les adolescents

CMV and HIV co-infection in children Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 36 – 44

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Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

Antagonistic effect and bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ on food borne bacterial pathogens from cabbage

1Orji, J. O., 1Amaobi, C. B., 1*Moses I. B., 2Uzoh, C. V., and 2Emioye, A. A.
1Department of Applied Microbiology, Faculty of Sciences, Ebonyi State University, Abakaliki, Nigeria 2Department of Biology/Microbiology/Biotechnology, Alex Ekwueme Federal University, Ndufu-Alike, Ikwo, Ebonyi State, Nigeria *Correspondence to: ben_iyke70@yahoo.com; +2348134136233

Abstract:

Background: Lactic acid bacteria (LAB) are important organisms recognized for fermentative ability as well as health and nutritional benefits. A large number of bacteriocins from LAB have been characterized and a number of studies have indicated the potential usefulness of bacteriocin in food preservative. The objective of this study was to evaluate the antagonistic effects and bacteriocinogenic activity of LAB isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ against selected food borne bacteria from cabbage samples.
Methodology: Five samples of Sorghum bicolor-based ‘ogi’ and 5 samples of suspected infected cabbage heads were randomly collected using sterile water proof material from Abakpa main market, Abakaliki, and processed at the Applied Microbiology Laboratory of Ebonyi State University, for isolation of LAB and food borne pathogen by conventional culture and biochemical identification tests. Antagonistic effects of LAB and its bacteriocinogenic activity were determined by agar well diffusion test.
Results: Three different Lactobacillus species designated A, B, and C, were isolated from the Sorghum bicolor-based ‘ogi’ and 5 bacterial species were isolated from cabbage heads; Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella, and Shigella species. The Lactobacillus species had inhibitory effect against S. aureus, E. coli, and Shigella species with inhibition zone diameters (IZD) of 19 mm, 10 mm, and 10 mm respectively. The crude bacteriocin extracts from the Lactobacillus species showed higher inhibitory activity against tested bacterial isolates at 10-1 (0.1ml) than at 10-2 dilution (0.01ml), and the inhibitory activity was higher at pH 2 than pH 6 and 7, with no activity at pH 8.

Conclusion: This study showed that LAB and its extracted bacteriocin demonstrated in vitro inhibitory activity against food borne pathogens isolated from cabbage heads. There is the need to further characterize the active components of the bacteriocin for possible commercial use as preservatives and potential source of new antimicrobial agent.

Keywords: Lactic acid bacteria, bacteriocin, cabbage, fermented food, ‘ogi’
Received June 25, 2019; Revised October 18, 2019; Accepted October 19, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Effet antagonistes et activité bactériocinogène de bactéries de l’acide lactique isolées à partir d’un «ogi» à base de sorgho bicolore sur des agents pathogènes bactériens d’origine alimentaire issus du chou
1Orji, J. O., 1Amaobi, C. B., 1*Moses I. B., 2Uzoh, C. V., et 2Emioye, A. A.
1Département de microbiologie appliquée, Faculté des sciences, Université Ebonyi State, Abakaliki, Nigéria 2Département de Biologie/Microbiologie/Biotechnologie, Université fédérale Alex Ekwueme, Ndufu-Alike, Ikwo, État Ebonyi, Nigéria *Correspondance à: ben_iyke70@yahoo.com; +2348134136233

Abstrait:

Contexte: Les bactéries de l’acide lactique (LAB) sont des organismes importants reconnus pour leur aptitude à la fermentation ainsi que pour leurs bienfaits nutritionnels et de santé. Un grand nombre de bactériocines de LAB ont été caractérisées et un certain nombre d’études ont indiqué l’utilité potentielle de la bactériocine dans un conservateur alimentaire. L’objectif de cette étude était d’évaluer les effets antagonistes et l’activité bactériocinogène du LAB isolé de «ogi» à base de Sorghum bicolor sur certaines bactéries d’origine alimentaire prélevées dans des échantillons de chou. Méthodologie: Cinq échantillons d’ogi à base de Sorghum bicolor et 5 échantillons de têtes de choux présumées infectées ont été prélevés au hasard à l’aide d’un matériau imperméable à l’eau stérile provenant du marché principal d’Abakpa, à Abakaliki, et traités au laboratoire de microbiologie appliquée d’Ebonyi State University pour l’isolement de LAB et agent pathogène d’origine alimentaire par culture conventionnelle et tests d’identification biochimiques. Les effets antagonistes de LAB et son activité bactériocinogène ont été déterminés par un test de diffusion sur gélose. Résultats: Trois espèces différentes de Lactobacillus désignées par A, B et C ont été isolées à partir du «ogi» à base de Sorghum bicolor et 5 espèces bactériennes ont été isolées à partir de têtes de chou; Staphylococcus aureus, Escherichia coli, espèces de Pseudomonas aeruginosa, Salmonella et Shigella. Les espèces de Lactobacillus avaient un effet inhibiteur contre les espèces de S. aureus, E. coli et Shigella avec des diamètres de zone d’inhibition (IZD) de 19 mm, 10 mm et 10 mm respectivement. Les extraits de bactériocine bruts de l’espèce Lactobacillus ont montré une activité inhibitrice plus élevée contre les isolats bactériens testés à 10-1 (0,1 ml) qu’à une dilution de 10-2 (0,01 ml), et l’activité inhibitrice était supérieure à pH 2 à pH 6 et à 7, sans activité à pH 8. Conclusion: cette étude a montré que le LAB et sa bactériocine extraite ont démontré une activité inhibitrice in vitro contre les agents pathogènes d’origine alimentaire isolés de la tête du chou. Il est nécessaire de mieux caractériser les composants actifs de la bactériocine pour une utilisation commerciale éventuelle en tant que conservateurs et source potentielle de nouvel agent antimicrobien.

Bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 45-52

Mots-clés: Bactéries lactiques, bactériocine, chou, aliment fermenté, ‘ogi’

Antagonistic effect and bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ on food borne bacterial pathogens from cabbage