Phenotypic and genotypic identification of Staphylococcus aureus resistant to clindamycin in Mansoura University Children Hospital, Egypt

1*Abouelnour, A., 2Zaki, M. E., 3Hassan R., and 4Elkannishy, S. M. H.
1,2Department of Clinical Pathology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
3Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
4Department of Toxicology, Mansoura Hospital, Mansoura University, Mansoura 35516, Egypt
4Department of Pharmacology and Toxicology, Faculty of Pharmacy, University of Tabuk, Tabuk, 71491, Saudi Arabia
Correspondence to: [email protected]

Abstract:

Background: Clindamycin has been a good alternative drug to penicillins in the treatment of infections caused by Staphylococcus aureus but resistance to this agent has led to therapeutic failure. Inducible clindamycin resistance in staphylococci carrying erm genes may not be detectable by routine disk diffusion test. The objective of this study is to phenotypically detect clindamycin resistance in clinical S. aureus isolates and determine the prevalence of ermA, ermB and ermC carriage among these isolates.
Methodology: A total of 230 non-duplicate S. aureus were isolated from children admitted to Mansoura University Children Hospital during the period January 2016 and June 2017 by conventional microbiology method. Invitro antibiotic susceptibility to selected antibiotics including erythromycin was performed by the disk diffusion technique. The „D-zone‟ test was used to phenotypically detect inducible clindamycin resistance. The presence of ermA, ermB and ermC genes was confirmed by multiplex polymerase chain reaction (m-PCR) assay. Results: One hundred and seven (46.6%) isolates were phenotypically resistant to erythromycin while 109 (47.3%) were methicillin (cefoxitin) resistant S. aureus (MRSA). The macrolide-lincosamin-streptograminB (MLSB) phenotypes among the erythromycin resistant isolates were 47 (44%) inducible MLSB and 46 (43%) constitutive MLSB, while 14 (13.0%) were MS phenotype. Although, the MLSB phenotype was more predominant in MRSA (n=60, 56.1%) than MSSA (n=33, 30.7%) while the MS phenotype was more predominant in MSSA (n=9, 8.4%) than MRSA (n=5, 4.6%) isolates, the difference was not statistically significant (p=0.0777). The ermA (29.0%, n=31) and ermC (18.7%, n=20) were the most prevalent genes carried by the isolates while ermB was carried by a few (4.7%, n=5). Forty six (43%) isolates did not carry any detectable erm gene.
Conclusion: In this study, both inducible and constitutive clindamycin resistance phenotypes were common among S. aureus isolates. Although the genetic basis for this may be attributed to carriage of ermA, ermB and ermC genes, a number of the resistant isolates did not carry any of these genes.

Keywords: phenotypic, genotypic, macrolide-lincosamide-streptogramin B, S. aureus, children
Received July 20, 2019; Revised September 22, 2019; Accepted September 28, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Identification phénotypique et génotypique de Staphylococcus aureus résistant à la clindamycine à l’Hôpital Universitaire Mansoura, Egypte

1*Abouelnour, A., 2Zaki, M. E., 3Hassan R., et 4Elkannishy, S. M. H.
1,2Département de pathologie clinique, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
3Département de microbiologie médicale, Faculté de médecine, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte 4ème département de toxicologie, hôpital Mansoura, université Mansoura, Mansoura 35516, Égypte
4Département 3D de pharmacologie et de toxicologie, faculté de pharmacie, université de Tabuk, Tabuk, 71491, Arabie saoudite
Correspondance à: [email protected]

Abstrait:

Contexte: La clindamycine était un bon médicament alternatif aux pénicillines dans le traitement des infections causées par Staphylococcus aureus, mais la résistance à cet agent a entraîné un échec thérapeutique. La résistance inductible à la clindamycine chez les staphylocoques porteurs du gène erm peut ne pas être détectable par le test de diffusion systématique sur disque. L’objectif de cette étude est de détecter phénotypiquement la résistance à la clindamycine dans les isolats cliniques de S. aureus et de déterminer la prévalence du portage d’ermA, d’ermB et d’ermC parmi ces isolats. sélection d‟antibiotiques, notamment à l‟érythromycine, a été réalisée par la technique de diffusion sur disque. Le test de la «zone D» a été utilisé pour détecter phénotypiquement la résistance inductible à la clindamycine. La présence des gènes ermA, ermB et ermC a été confirmée par un test de réaction en chaîne de la polymérase multiplexe (m-PCR).
Résultats: Cent sept isolats (46,6%) étaient phénotypiquement résistants à l’érythromycine, tandis que 109 (47,3%) étaient résistants à la méthicilline (céfoxitine) S. aureus (MRSA). Les phénotypes macrolide-lincosamin-streptogramine B (MLSB) parmi les isolats résistants à l’érythromycine étaient 47 (44%) MLSB inductibles et 46 (43%) MLSB constitutifs, alors que 14 (13,0%) étaient des phénotypes MS. Bien que le phénotype MLSB soit plus prédominant dans le SARM (n=60, 56,1%) que le MSSA (n=33, 30,7%), le phénotype MS était plus prédominant dans le MSSA (n=9, 8,4%) que le SARM (n=5, 4,6%), la différence n’était pas statistiquement significative (p=0,0777). ErmA (29,0%, n=31) et ermC (18,7%, n=20) étaient les gènes les plus prévalents portés par les isolats, tandis que ermB était porté par quelques-uns (4,7%, n=5). Quarante-six (43%) isolats ne portaient aucun erm gène détectable.
Conclusion: Dans cette étude, les phénotypes de résistance à la clindamycine tant inductibles que constitutifs étaient courants parmi les isolats de S. aureus. Bien que la base génétique de ceci puisse être attribuée au portage des gènes ermA, ermB et ermC, un certain nombre des isolats résistants ne portaient aucun de ces gènes.

Clindamycin resistant S. aureus in Egypt Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 30 – 35

Mots-clés: phénotypique, génotypique, macrolide-lincosamide-streptogramine B, S. aureus, enfants

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Phenotypic and genotypic identification of Staphylococcus aureus resistant to clindamycin in Mansoura University Children Hospital, Egypt

Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

1*Okechukwu, A. A., and 2Thairu, Y.
1Deparment of Paediatrics, University of Abuja Teaching Hospital, Gwagwalada, Abuja, Nigeria
2Department of Microbiology, University of Abuja Teaching Hospital, Gwagwalada, Abuja, Nigeria
Correspondence to: [email protected]; +2348036719906

Abstract:
Background: Cytomegalovirus (CMV) co-infection with human immunodeficiency virus (HIV) is known to accelerate HIV disease progression. It has the potential of being a killer disease or a silent lifetime companion in HIV patients. There is dearth of information on CMV prevalence among HIV infected children and adolescents in our environment. We therefore conducted this study to determine its sero-prevalence, and risk factors for co-infection among HIV infected children and adolescents on highly active antiretroviral therapy (HAART) in our center.
Method: A descriptive cross sectional study of HIV-infected children and adolescents aged 2 months to 18 years on HAART was conducted over a 6 month period between October 2017 and March 2018 in our health facility. Blood samples of subjects were screened for CMV IgM using commercial test kits. Biodata of subjects, CD4 cell count, and viral load were collected into a designed proforma, and statistical analysis was done with SPSS version 22.0.
Result: A total of 161 HIV-infected children and adolescents were recruited, 103 (64.0%) were males, 83 (51.6%) were between the ages of 5 and <10 years, 113 (70.2%) were from lower socio-economic class, and 138 (85.7%) were on 1st line HAART. Of the 17 (10.6%) subjects positive for CMV IgM, 3 (17.6%) were less than 5 years old, 11 (64.7%) were between the ages of 5-10 years, and none was older than 15 years. Univariate analysis showed significant differences in the mean age, weight, length/height, and systolic blood pressure between CMV IgM positive and negative patients (p<0.05), but no significant difference in gender, socioeconomic class, types of antiretroviral drugs, CD4 cell count, and viral load (p>0.05). Multivariate analysis however did not show any significant difference in age, weight, length/height, and systolic blood pressure. Conclusion: The prevalence of active CMV infections among HIV infected children and adolescents on HAART in our centre is high. Low CD4 cell count and high viral load were not associated with active CMV disease, and no risk factor for co-infection was also identified. Identifying those with primary/active infection will be necessary for possible treatment with anti-herpes drugs before development of reactivated CMV disease.

Keywords: CMV, HIV, co-infection, anti-retroviral,  children, adolescents

Received June 27, 2019; Revised October 10, 2019; Accepted October 12, 2019

Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Co-infection par le cytomégalovirus et le VIH chez des enfants et des adolescents sous traitement antirétroviral à Abuja, au Nigéria

1*Okechukwu, A. A., et 2Thairu, Y.
1Département de pédiatrie, Hôpital universitaire de Abuja, Gwagwalada, Abuja, Nigéria 2Département de microbiologie, hôpital universitaire de Abuja, Gwagwalada, Abuja, Nigéria Correspondance à: [email protected]; +2348036719906

Abstrait:

Contexte: On sait que la co-infection par le cytomégalovirus (CMV) et le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) accélère la progression de la maladie. Il a le potentiel d’être une maladie mortelle ou un compagnon
silencieux à vie chez les patients VIH. Il existe peu d’informations sur la prévalence du CMV chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH dans notre environnement. Nous avons donc mené cette étude pour déterminer sa séroprévalence et les facteurs de risque de co-infection chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH sous traitement antirétroviral hautement actif (HAART) dans notre centre. Méthode: Une étude transversale descriptive des enfants et adolescents infectés par le VIH et âgés de 2 mois à 18 ans sous multithérapie a été menée sur une période de 6 mois entre octobre 2017 et mars 2018 dans notre établissement de santé. Des échantillons de sang de sujets ont été testés pour l’IgM de CMV en utilisant des kits de test commerciaux. Les données biologiques des sujets, le nombre de cellules CD4 et la charge virale ont été recueillis dans un formulaire conçu à cet effet et une analyse statistique a été réalisée avec SPSS version 22.0. Résultat: 161 enfants et adolescents infectés par le VIH ont été recrutés, dont 103 (64,0%) étaient des hommes, 83 (51,6%) étaient âgés de 5 à moins de 10 ans, 113 (70,2%) étaient issus de milieux socio-économiques inférieurs. et 138 (85,7%) suivaient la multithérapie de première ligne. Sur les 17 (10,6%) sujets positifs pour l’IgM du CMV, 3 (17,6%) avaient moins de 5 ans, 11 (64,7%) étaient âgés de 5 à 10 ans et aucun n’avait plus de 15 ans. Une analyse univariée a montré des différences significatives dans l’âge moyen, le poids, la taille / taille et la pression artérielle systolique entre les patients positifs et négatifs pour IgM anti-CMV (p<0,05), mais aucune différence significative entre le sexe, la classe socio-économique, les types de médicaments antirétroviraux et les cellules CD4 nombre et charge virale (p>0,05). L’analyse multivariée n’a cependant montré aucune différence significative d’âge, de poids, de taille / taille et de pression artérielle systolique. Conclusion: La prévalence des infections à CMV actives chez les enfants et les adolescents infectés par le VIH sous HAART dans notre centre est élevée. Un faible nombre de cellules CD4 et une charge virale élevée n’étaient pas associés à la maladie à CMV active et aucun facteur de risque de co-infection n’a également été identifié. Identifier les personnes présentant une infection primaire / active sera nécessaire pour un traitement éventuel avec des médicaments anti-herpès avant le développement d’une maladie à CMV réactivée.

Mots-clés: CMV, HIV, co-infection, anti-rétroviral, Enfants, les adolescents

CMV and HIV co-infection in children Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 36 – 44

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Cytomegalovirus co-infection with HIV in children and adolescents on antiretroviral therapy in Abuja, Nigeria

Antagonistic effect and bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ on food borne bacterial pathogens from cabbage

1Orji, J. O., 1Amaobi, C. B., 1*Moses I. B., 2Uzoh, C. V., and 2Emioye, A. A.
1Department of Applied Microbiology, Faculty of Sciences, Ebonyi State University, Abakaliki, Nigeria 2Department of Biology/Microbiology/Biotechnology, Alex Ekwueme Federal University, Ndufu-Alike, Ikwo, Ebonyi State, Nigeria *Correspondence to: [email protected]; +2348134136233

Abstract:

Background: Lactic acid bacteria (LAB) are important organisms recognized for fermentative ability as well as health and nutritional benefits. A large number of bacteriocins from LAB have been characterized and a number of studies have indicated the potential usefulness of bacteriocin in food preservative. The objective of this study was to evaluate the antagonistic effects and bacteriocinogenic activity of LAB isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ against selected food borne bacteria from cabbage samples.
Methodology: Five samples of Sorghum bicolor-based ‘ogi’ and 5 samples of suspected infected cabbage heads were randomly collected using sterile water proof material from Abakpa main market, Abakaliki, and processed at the Applied Microbiology Laboratory of Ebonyi State University, for isolation of LAB and food borne pathogen by conventional culture and biochemical identification tests. Antagonistic effects of LAB and its bacteriocinogenic activity were determined by agar well diffusion test.
Results: Three different Lactobacillus species designated A, B, and C, were isolated from the Sorghum bicolor-based ‘ogi’ and 5 bacterial species were isolated from cabbage heads; Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella, and Shigella species. The Lactobacillus species had inhibitory effect against S. aureus, E. coli, and Shigella species with inhibition zone diameters (IZD) of 19 mm, 10 mm, and 10 mm respectively. The crude bacteriocin extracts from the Lactobacillus species showed higher inhibitory activity against tested bacterial isolates at 10-1 (0.1ml) than at 10-2 dilution (0.01ml), and the inhibitory activity was higher at pH 2 than pH 6 and 7, with no activity at pH 8.

Conclusion: This study showed that LAB and its extracted bacteriocin demonstrated in vitro inhibitory activity against food borne pathogens isolated from cabbage heads. There is the need to further characterize the active components of the bacteriocin for possible commercial use as preservatives and potential source of new antimicrobial agent.

Keywords: Lactic acid bacteria, bacteriocin, cabbage, fermented food, ‘ogi’
Received June 25, 2019; Revised October 18, 2019; Accepted October 19, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Effet antagonistes et activité bactériocinogène de bactéries de l’acide lactique isolées à partir d’un «ogi» à base de sorgho bicolore sur des agents pathogènes bactériens d’origine alimentaire issus du chou
1Orji, J. O., 1Amaobi, C. B., 1*Moses I. B., 2Uzoh, C. V., et 2Emioye, A. A.
1Département de microbiologie appliquée, Faculté des sciences, Université Ebonyi State, Abakaliki, Nigéria 2Département de Biologie/Microbiologie/Biotechnologie, Université fédérale Alex Ekwueme, Ndufu-Alike, Ikwo, État Ebonyi, Nigéria *Correspondance à: [email protected]; +2348134136233

Abstrait:

Contexte: Les bactéries de l’acide lactique (LAB) sont des organismes importants reconnus pour leur aptitude à la fermentation ainsi que pour leurs bienfaits nutritionnels et de santé. Un grand nombre de bactériocines de LAB ont été caractérisées et un certain nombre d’études ont indiqué l’utilité potentielle de la bactériocine dans un conservateur alimentaire. L’objectif de cette étude était d’évaluer les effets antagonistes et l’activité bactériocinogène du LAB isolé de «ogi» à base de Sorghum bicolor sur certaines bactéries d’origine alimentaire prélevées dans des échantillons de chou. Méthodologie: Cinq échantillons d’ogi à base de Sorghum bicolor et 5 échantillons de têtes de choux présumées infectées ont été prélevés au hasard à l’aide d’un matériau imperméable à l’eau stérile provenant du marché principal d’Abakpa, à Abakaliki, et traités au laboratoire de microbiologie appliquée d’Ebonyi State University pour l’isolement de LAB et agent pathogène d’origine alimentaire par culture conventionnelle et tests d’identification biochimiques. Les effets antagonistes de LAB et son activité bactériocinogène ont été déterminés par un test de diffusion sur gélose. Résultats: Trois espèces différentes de Lactobacillus désignées par A, B et C ont été isolées à partir du «ogi» à base de Sorghum bicolor et 5 espèces bactériennes ont été isolées à partir de têtes de chou; Staphylococcus aureus, Escherichia coli, espèces de Pseudomonas aeruginosa, Salmonella et Shigella. Les espèces de Lactobacillus avaient un effet inhibiteur contre les espèces de S. aureus, E. coli et Shigella avec des diamètres de zone d’inhibition (IZD) de 19 mm, 10 mm et 10 mm respectivement. Les extraits de bactériocine bruts de l’espèce Lactobacillus ont montré une activité inhibitrice plus élevée contre les isolats bactériens testés à 10-1 (0,1 ml) qu’à une dilution de 10-2 (0,01 ml), et l’activité inhibitrice était supérieure à pH 2 à pH 6 et à 7, sans activité à pH 8. Conclusion: cette étude a montré que le LAB et sa bactériocine extraite ont démontré une activité inhibitrice in vitro contre les agents pathogènes d’origine alimentaire isolés de la tête du chou. Il est nécessaire de mieux caractériser les composants actifs de la bactériocine pour une utilisation commerciale éventuelle en tant que conservateurs et source potentielle de nouvel agent antimicrobien.

Bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 45-52

Mots-clés: Bactéries lactiques, bactériocine, chou, aliment fermenté, ‘ogi’

Antagonistic effect and bacteriocinogenic activity of Lactic Acid Bacteria isolated from Sorghum bicolor-based ‘ogi’ on food borne bacterial pathogens from cabbage

 

Underutilization of the Clinical Microbiology Laboratory by Physicians in Nigeria

1Iregbu, K. C., 2Osuagwu, C. S., 3Umeokonkwo, C. D., 4Fowotade, A. A., 5Ola-Bello, O. I., 1Nwajiobi-Princewill, P. I., 6Taiwo S. S., 7Olayinka A. T., and *2Oduyebo, O. O.

1Department of Medical Microbiology, National Hospital, Abuja

2Department of Medical Microbiology and Parasitology, College of Medicine, University of Lagos

3Department of Community Medicine, Alex Ekwueme Federal University Teaching Hospital, Abakaliki, Ebonyi State

4Department of Medical Microbiology and Parasitology, University College Hospital, Ibadan

5Department of Medical Microbiology, State Specialist Hospital, Akure

6Department of Medical Microbiology and Parasitology, College of Health Sciences, Ladoke Akintola University of Technology, Ogbomoso

7Department of Medical Microbiology, College of Health Sciences, Ahmadu Bello University, Zaria *Correspondence to: [email protected]; +2348023163319; ORCiD: 0000-0002-2894-4367

Abstract:
Background: Clinical laboratories are critical to correct diagnosis of medical conditions to ensure appropriate management. Point prevalence survey (PPS) of antimicrobial use and resistance performed in Nigeria in 2015 and 2017 showed high rates of antibiotic use, but poor laboratory utilization for definitive diagnosis of the infections for which the antimicrobials were prescribed. This study investigated the reasons for clinicians‟ poor utilization of the clinical laboratory for definitive diagnosis and treatment of infections. Methods: A cross sectional survey of clinicians attending the 2018 annual scientific conference and general meeting of the National Postgraduate Medical College of Nigeria (NPMCN) in Owerri, Southeastern Nigeria, was conducted using self-administered structured questionnaire to obtain information on the sub-optimal utilization of the clinical microbiology laboratory. Results: Of 283 respondents, 14.8% were general practitioners and 85.2% were specialists who have been in practice for a median period of 20 years (range 3 – 48 years). The specialists included surgeons (26%), family physicians (19.8%), internists (14.3%), pathologists (13.9%), paediatricians (8.8%), obstetricians and gynecologists (8.1%), community medicine physicians (6.2%), and dental surgeons (2.6%). Majority of the respondents (90.8%) work in public, 88.3% work in tertiary and 9.9% in secondary care hospitals. For diagnosis of infections, 16% and 49.8% reported using laboratory “always” and “very often” respectively. Among these, the most commonly utilized investigations were microscopy, culture and sensitivity (62.4%), DNA detection (18.3%), GeneXpert for tuberculosis (17.2%), and antigen detection (16.7%). Among clinicians that “hardly make use” of the laboratory, their reasons for non-use were; clinical diagnosis being sufficient (39.7%), delayed results (17.2%), having knowledge of „potent‟ antibiotics (15.5%), lack of access to microbiology laboratory (13.8%), absence of pathologists to assure quality of tests (12.1%), and no need of the laboratory to manage patients with infections (8.6%). Conclusion: These findings indicate that poor use of the microbiology laboratory seems mainly associated with perception and attitude of the physicians to the relevance of the laboratory, and perceived inadequacy of microbiology practice in some others. There is need to raise physicians‟ awareness on the relevance and what constitutes optimal use of the clinical microbiology laboratory for accurate diagnosis of infections and appropriate antimicrobial use.

Key words: utilization, microbiology laboratory, diagnosis, antimicrobials, infectious diseases

Received October 17, 2019; Revised October 24, 2019; Accepted October 25, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Underutilization of clinical microbiology laboratory in Nigeria Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 53-59

Sous-utilisation du laboratoire de microbiologie clinique par des médecins au Nigéria

1Iregbu, K. C., 2Osuagwu, C. S., 3Umeokonkwo, C. D., 4Fowotade, A. A., 5Ola-Bello, F. O., 1Nwajiobi-Princewill, P. I., 6Taiwo S. S., 7Olayinka A. T., et *2Oduyebo, O. O.
1Département de microbiologie médicale, hôpital national, Abuja 2Département de microbiologie médicale et de parasitologie, faculté de médecine, université de Lagos 3Département de médecine communautaire, Alex Ekwueme Hôpital universitaire fédéral, Abakaliki, Etat d’Ebonyi 4Département de médecine microbiologique et de parasitologie, Université universitaire Ibadan 5Département de microbiologie médicale, Hôpital d’État spécialisé, Akure 6Département de microbiologie médicale et de parasitologie, Collège des sciences de la santé, Université de technologie Ladoke Akintola, Ogbomoso 7Département de Microbiologie médicale et du Collège des sciences de la santé, Université Ahmadu Bello, Zaria *Correspondance à: [email protected]; +2348023163319; ORCiD: 0000-0002-2894-4367

Abstrait:
Contexte: Les laboratoires cliniques sont essentiels pour corriger le diagnostic des conditions médicales et assurer une prise en charge appropriée. Une enquête de prévalence ponctuelle (PPS) sur l’utilisation et la résistance aux antimicrobiens réalisée au Nigéria en 2015 et 2017 a montré des taux élevés d’utilisation d’antibiotiques, mais une faible utilisation en laboratoire pour le diagnostic définitif des infections pour lesquelles les antimicrobiens ont été prescrits. Cette étude a examiné les raisons de la faible utilisation du laboratoire par les cliniciens pour le diagnostic définitif et le traitement des infections. Méthodes: Une enquête transversale sur les cliniciens participant à la conférence scientifique annuelle et à l’assemblée générale de 2018 du Collège national des médecins diplômés du Nigéria (NPMCN) à Owerri, dans le sud-est du Nigéria, a été réalisée à l’aide d’un questionnaire structuré auto-administré visant à obtenir des informations sur le sous-optimal. utilisation du laboratoire de microbiologie clinique. Résultats: Sur 283 répondants, 14,8% étaient des omnipraticiens et 85,2% des spécialistes exerçant depuis 20 ans en moyenne (de 3 à 48 ans). Les spécialistes comprenaient des chirurgiens (26%), des médecins de famille (19,8%), des internistes (14,3%), des pathologistes (13,9%), des pédiatres (8,8%), des obstétriciens et des gynécologues (8,1%), des médecins de santé communautaires (6,2%), et chirurgiens dentistes (2,6%). La majorité des répondants (90,8%) travaillent en public, 88,3% dans le tertiaire et 9,9% dans les hôpitaux de soins secondaires. Pour le diagnostic des infections, 16% et 49,8% ont déclaré utiliser le laboratoire «toujours» et «très souvent» respectivement. Parmi ceux-ci, les examens les plus couramment utilisés étaient la microscopie, la culture et la sensibilité (62,4%), la détection de l’ADN (18,3%), GeneXpert pour la tuberculose (17,2%) et la détection de l’antigène (16,7%). Parmi les cliniciens qui «utilisent à peine» le laboratoire, les raisons de leur non-utilisation étaient: diagnostic clinique suffisant (39,7%), résultats tardifs (17,2%), connaissance d’antibiotiques «puissants» (15,5%), manque d’accès au laboratoire de microbiologie (13,8%), absence de pathologistes pour garantir la qualité des tests (12,1% ), et aucun laboratoire n‟a besoin de prendre en charge des patients infectés (8,6%). Conclusion: Ces résultats indiquent que la mauvaise utilisation du laboratoire de microbiologie semble principalement associée à la perception et à l’attitude des médecins à l’égard de la pertinence du laboratoire, et à l’insuffisance perçue de la pratique de la microbiologie chez certains autres. Il est nécessaire de sensibiliser les médecins à la pertinence et à l’utilisation optimale du laboratoire de microbiologie clinique pour un diagnostic précis des infections et une utilisation appropriée des antimicrobiens.

Mots-clés: utilisation, laboratoire de microbiologie, diagnostic, antimicrobiens, maladies infectieuses

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Underutilization of the Clinical Microbiology Laboratory by Physicians in Nigeria

Otitis externa in a tertiary care hospital in Zagazig, Egypt: isolated pathogens and their antibiotic sensitivity patterns

1*Allam, A. A. E., 2Tantawy, A. E. E., 2Mohamed, K. A. E., 3El ghamrey, N. A. M., 1Morad, E. A., and 1El Shafei, M. A. E.

1Medical Microbiology and Immunology Department, Faculty of Medicine, Zagazig University, Egypt 2ENT Department, Faculty of Medicine, Zagazig University, Egypt 3ENT specialist, Egypt Ministry of Health and Population *Correspondence to: [email protected]; +20155777174, +201227989609

Abstract:

Introduction: Recurrent otitis externa is a worldwide problem. This study aims to identify the different aetiological organisms isolated from otitis externa and their sensitivity to different antibiotics. Methods: A total of 27 patients with clinical presentation of otitis externa for a period of three weeks or more were enrolled for the study. Two swab samples collected from each infected ear were cultured for bacterial and fungi, and growth identified using standard microbiological methods including analytical profile index (API) system. Antibiotic susceptibility of isolated bacteria was performed by the disk diffusion technique. Results: Thirty one organisms were isolated from the 27 patients; 12 (38.7%) fungi and 19 (61.3%) bacteria species. Aspergillus spp was the most frequently isolated organism (35.4%) while Pseudomonas aeruginosa was the most frequently isolated bacteria (19.3%), and was most sensitive to amikacin. Four of 11 patients with Aspergillus infection showed clinical resistance to econazole local treatment but had complete clinical response to itraconazole oral treatment.

Conclusion: Otitis externa in Egypt is caused by antibiotic resistant bacteria or fungi, and the most causative organisms are Aspergillus spp and Ps. aeruginosa.

Keywords: Otitis externa, antibiotic resistance, Pseudomonas aeruginosa,

Egypt Received June 25, 2019; Revised September 3, 2019; Accepted September 19, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

 

Otite externe à l’hôpital de soins tertiaires de Zagazig, en Égypte: agents pathogènes isolés et leur profil de sensibilité aux antibiotiques

1*Allam, A. A. E., 2Tantawy, A. E. E., 2Mohamed, K. A. E., 3El ghamrey, N. A. M., 1Morad, E. A., et 1El Shafei, M. A. E. 1Département de microbiologie médicale et d’immunologie, Faculté de médecine, Université de Zagazig, Égypte 2Département d’ORL, Université de Zagazig, Faculté de médecine, Égypte 3spécialiste ENT, Ministère égyptien de la santé et de la population
*Correspondance à:[email protected]; +20155777174, +201227989609

Abstrait:
Introduction: L’otite externe récurrente est un problème mondial. Cette étude vise à identifier les différents organismes étiologiques isolés d’une otite externe et leur sensibilité à différents antibiotiques. Méthodes: Un total de 27 patients présentant une présentation clinique de l’otite externe sur une période de trois semaines ou plus ont été inclus dans l’étude. Deux échantillons de prélèvement prélevés sur chaque oreille infectée ont été mis en culture pour détecter la présence de bactéries et de champignons, et leur croissance a été identifiée à l’aide de méthodes microbiologiques standard, notamment d’un système d’indice de profil analytique (API).

sensibilité aux antibiotiques de bactéries isolées a été réalisée par la technique de diffusion sur disque. Résultats: Trente et un organismes ont été isolés parmi les 27 patients; 12 espèces de champignons (38,7%) et 19 espèces de bactéries (61,3%). Aspergillus spp était l’organisme le plus fréquemment isolé (35,4%), tandis que Pseudomonas aeruginosa était la bactérie la plus fréquemment isolée (19,3%) et était la plus sensible à l’amikacine. Quatre des 11 patients infectés par Aspergillus ont présenté une résistance clinique au traitement local à l’éconazole, mais ont présenté une réponse clinique complète au traitement oral à l’itraconazole. Conclusion: L’otite externe en Egypte est causée par une bactérie ou un champignon résistant aux antibiotiques. Les organismes les plus responsables sont Aspergillus spp et Ps. aeruginosa.

La Otitis externa in Egypt Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 60-65

Mots-clés: otite externe, résistance aux antibiotiques, Pseudomonas aeruginosa, Égypte

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Otitis externa in a tertiary care hospital in Zagazig, Egypt: isolated pathogens and their antibiotic sensitivity patterns

Laboratory survey of extended spectrum beta-lactamase producing enterobacteriaceae in clinical infections among hospitalised patients at LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso, Nigeria

*Abayomi, S. A., Adegboro, B., and Taiwo, S. S.
Department of Medical Microbiology and Parasitology, Ladoke Akintola University of Technology (LAUTECH) Teaching Hospital, PMB 4007, Ogbomoso, Nigeria *Correspondence to: [email protected]

Abstract:

Background: The extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing enterobacteriaceae are a major public health threat globally, causing both community and healthcare associated infections (HAIs). Due to multi-resistant nature of these strains, infections caused by them are associated with treatment failure, high mortality, and increased healthcare costs. This laboratory survey determined the prevalence of infections caused by ESBL-producing enterobacteriaceae in LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso Methodology: Over three years (January 2016 to December 2018), non-duplicate clinical samples (sputum, blood, urine, and wound swabs) collected from hospitalised patients with suspected clinical infections were routinely processed at microbiology laboratory of our hospital for aerobic culture and isolation of enterobacteriaceae. Antibiotic susceptibility of each isolate to routinely used antibiotics was determined by the disk diffusion method and ‘double disk’ synergy test was used to routinely confirm ESBL production. Demographic and clinical data were extracted from the requisition form. Results: Of the total 4,198 hospitalised patients over the three year period, 1,222 (29.1%) had clinical infections, out of which 689 (16.4%) were laboratory confirmed. Enterobacteriaceae were isolated from 343 patients (prevalence rate, 8.2%) while ESBL producers were isolated from 46 (prevalence rate, 1.1%). The most frequent enterobacteriaceae were Klebsiella spp (54.5%) and Escherichia coli (35.9%) recovered mainly from urinary tract infection (UTI, 45.2%), skin and soft tissue infection (SSTI, 27.9%) and lower respiratory tract infection (LRTI, 17.5%) but ESBL producers were frequently associated with osteomyelitis (50%), LRTI (18.3%) and SSTI (14.6%). The ESBL producers were all resistant to ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, cefepime, gentamicin, and ciprofloxacin but susceptible to imipenem. The non-ESBL producers were comparatively less resistant with 43.8%, 34.3%, 29%, 35%, 43%, 37%, and 4% resistant to ampicillin, cefotaxime, ceftazidime, cefepime, gentamicin, ciprofloxacin and imipenem respectively. Conclusion: The prevalence of clinical infections among hospitalised patients in our facility is high but the rate of ESBL-producing enterobacteriaceae is relatively low. In spite of this, there is need for continuous surveillance of ESBL and other antibiotic resistant pathogens as part of the infection prevention and control (IPC) programme, with implementation of measures that will reduce the incidence of these infections in our hospital.

Keywords: Laboratory survey, hospitalised patients, ESBL, multidrug resistance
Received Sept 4, 2019; Revised September 20, 2019; Accepted September 21, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.
Enquête de laboratoire sur les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu lors d’infections cliniques chez des patients hospitalisés à l’hôpital universitaire LAUTECH, à Ogbomoso, au Nigéria
*Abayomi, S. A., Adegboro, B., et Taiwo, S. S.

Laboratory survey of ESBL-producing enterobacteriaceae Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21(1): 66-71

Département de microbiologie médicale et de parasitologie, Hôpital universitaire de l’Université technique de Ladoke Akintola (LAUTECH), PMB 4007, Ogbomoso, Nigéria *Correspondance à: [email protected]

Abstrait:
Contexte: Les entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) constituent une menace majeure pour la santé publique dans le monde, provoquant à la fois des infections dans la communauté et des infections associées aux soins de santé. En raison de la nature multirésistante de ces souches, les infections qu’elles provoquent sont associées à un échec du traitement, à une mortalité élevée et à une augmentation des coûts de soins de santé. Cette enquête en laboratoire a permis de déterminer la prévalence d’infections causées par des entérobactéries productrices de BLSE à l’hôpital universitaire LAUTECH, à Ogbomoso. Méthodologie: Sur trois ans (janvier 2016 à décembre 2018), des échantillons cliniques non dupliqués (expectorations, sang, urine, et plaies oreilles) prélevés chez des patients hospitalisés présentant des suspicions d’infections cliniques ont été systématiquement traités dans le laboratoire de microbiologie de notre hôpital pour culture aérobie et isolement d’entérobactériacées. La sensibilité aux antibiotiques de chaque isolat aux antibiotiques utilisés en routine a été déterminée par la méthode de diffusion sur disque et un test de synergie «double disque» a été utilisé pour confirmer en routine la production de BLSE. Les données démographiques et cliniques ont été extraites du formulaire de demande. Résultats: Sur un total de 4198 patients hospitalisés au cours de la période de trois ans, 1222 (29,1%) ont présenté une infection clinique, dont 689 (16,4%) ont été confirmés en laboratoire. Des entérobactéries ont été isolées chez 343 patients (taux de prévalence de 8,2%), tandis que les producteurs de BLSE ont été isolés chez 46 patients (taux de prévalence de 1,1%). Les entérobactériacées les plus fréquentes étaient Klebsiella spp (54,5%) et Escherichia coli (35,9%) principalement dues à une infection des voies urinaires (UTI, 45,2%), une infection de la peau et des tissus mous (SSTI, 27,9%) et des voies respiratoires inférieures (LRTI, 17,5%), mais les producteurs de BLSE étaient fréquemment associés à l’ostéomyélite (50%), au LRTI (18,3%) et au SSTI (14,6%). Les producteurs de BLSE étaient tous résistants à l’ampicilline, au céfotaxime, à la ceftazidime, au céfépime, à la gentamicine et à la ciprofloxacine, mais sensibles à l’imipénem. Les producteurs non BLSE étaient comparativement moins résistants, avec respectivement 43,8%, 34,3%, 29%, 35%, 43%, 37% et 4% de résistance à l’ampicilline, au céfotaxime, au ceftazidime, au céfépime, à la gentamicine, à la ciprofloxacine et à l’imipénème. Conclusion: La prévalence d’infections cliniques chez les patients hospitalisés dans notre établissement est élevée mais le taux d’entérobactéries productrices de BLSE est relativement faible. Malgré cela, il est nécessaire de surveiller en permanence les BLSE et les autres agents pathogènes résistants aux antibiotiques dans le cadre du programme de prévention et de contrôle des infections (IPC), avec la mise en oeuvre de mesures permettant de réduire l’incidence de ces infections dans notre hôpital.

Mots clés: Enquête de laboratoire, patients hospitalisés, BLSE, résistance, multiple aux médicaments

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Laboratory survey of extended spectrum beta-lactamase producing enterobacteriaceae in clinical infections among hospitalised patients at LAUTECH Teaching Hospital, Ogbomoso, Nigeria

Ectoparasitic infestations of cats and dogs in Izzi Local Government Area of Ebonyi State, Nigeria: brief communication for ‘One Health’ approach to control of potential zoonoses

*Elom, M. O., Obeji, N. N., Nworie, A., and Usanga, V.
Department of Medical Laboratory Science, Ebonyi State University, Abakaliki, Nigeria
*Correspondence to: [email protected]

Abstract:
Background: Cats and dogs are important companion animals that paradoxically pose risks of zoonotic infections to their owners. This study determined the ectoparasitic infestations of cats and dogs in a semi-rural setting of Ebonyi State, so as to establish the prevalence of the ectoparasites among the companion animals for creation of public health awareness relevant to prevention of zoonoses in the area.
Methods: One hundred dogs and 21 cats from Izzi Local Government Area of Ebonyi State, were examined for ectoparasitic infestations, using standard parasitological techniques. Systematic random sampling technique was employed in the study. Parasites were identified with standard identification guides. Data were analysed using aspects of Bush infection statistics and Chi-square. Statistical significance was established at p<0.05.
Results: Out of the 100 dogs examined, 80 (80%), 8 (8%), 6 (6%), 2 (2%) and 4 (4%) were infested with Rhipicephalus sanguineus, Haemaphysalis longicornis, Ctenocephalides canis, Ctenocephalides felis and Sarcoptes scabiei respectively. A significant association was observed between R. sanguineus and the dogs (X2=100.00; p=0.000). Six (28.6%) of the 21 cats examined were infested with C. felis, with significant statistical association (X2=21.000; p=0.000) and 2 (9.5%) were infested with Otodectes cynotis but no significant association (X2=5.526; p=0.063).
Conclusion: Based on the observed prevalence of ectoparasites among the animals, collaborative efforts of the medical and veterinary personnel are solicited in the spirit of ‘one health’ in order to protect the health of the pets and those of their owners.

Keywords: Ectoparasitism, Cats, Dogs, Ebonyi State, Zoonoses

Received July 29, 2019; Revised October 10, 2019; Accepted October 11, 2019
Copyright 2020 AJCEM Open Access. This article is licensed and distributed under the terms of the Creative Commons Attrition 4.0 International License (//creativecommmons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution and reproduction in any medium, provided credit is given to the original author(s) and the source.

Ectoparasitic infestations of canines Afr. J. Clin. Exper. Microbiol. 2020; 21 (1): 72-77

Infestations ectoparasites de chats et de chiens dans la zone de gouvernement local d’Izzi, dans l’État d’Ebonyi, au Nigéria: communication succincte concernant l’approche «One Health» de la lutte contre les zoonoses potentielles

*Elom, M. O., Obeji, N. N., Nworie, A. et Usanga, V.
Département des sciences de laboratoire médical, université d’État Ebonyi, Abakaliki, Nigéria *Correspondance à: [email protected]
Abstrait:
Contexte: Les chats et les chiens sont des animaux de compagnie importants qui, paradoxalement, présentent des risques d’infections zoonotiques pour leurs propriétaires. Cette étude a déterminé les infestations ectoparasites de chats et de chiens dans un cadre semi-rural de l’État d’Ebonyi, de manière à établir la prévalence des ectoparasites parmi les animaux de compagnie afin de sensibiliser la santé publique à la prévention des zoonoses dans la région.

 

Méthodes: Des infestations d’ectoparasites ont été examinées chez 100 chiens et 21 chats de la région du gouvernement local d’Izzi, dans l’État d’Ebonyi, à l’aide de techniques parasitologiques classiques. La technique d’échantillonnage aléatoire systématique a été utilisée dans l’étude. Les parasites ont été identifiés avec des guides d’identification standard. Les données ont été analysées à l’aide d’aspects des statistiques d’infection de Bush et du chi carré. La signification statistique a été établie à p<0,05. Résultats: Sur les 100 chiens examinés, 80 (80%), 8 (8%), 6 (6%), 2 (2%) et 4 (4%) étaient infestés par Rhipicephalus sanguineus, Haemaphysalis longicornis, Ctenocephalides canis, Ctenocephalides felis et Sarcoptes scabiei respectivement. Une association significative a été observée entre R. sanguineus et les chiens (X2=100,00; p=0,000). Six (28,6%) des 21 chats examinés étaient infestés par C. felis, avec une association statistique significative (X2=21 000; p=0,000) et 2 (9,5%) étaient infestés par Otodectes cynotis mais aucune association significative (X2=5,526; p=0,063). Conclusion: sur la base de la prévalence observée d’ectoparasites chez les animaux, des efforts de collaboration du personnel médical et vétérinaire sont sollicités dans l’esprit de «one health» afin de protéger la santé des animaux et de leurs propriétaires.

Mots clés: Ectoparasitisme, Chats, Chiens, Etat d’Ebonyi, Zoonoses

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Ectoparasitic infestations of cats and dogs in Izzi Local Government Area of Ebonyi State, Nigeria: brief communication for ‘One Health’ approach to control of potential zoonoses